Открывается роман спором между "немцем”, "англичанином”, "французом”, "поляком” Воландом и Берлиозом. Берлиоз, ещё не догадываясь о "шестом доказательстве”, пытается убедить оппонента в том, что его, чёрта, не существует. Спор этот даёт толчок важному, длящемуся на протяжении всего романа спору "бытия” и "небытия”. Воланд, олицетворяющий в романе "бытие”, делает насмешливо-ироничное замечание: "...что же это у вас, чего ни хватишься, ничего нет” – не только Берлиозу и Понырёву, но и всей Москве, лишённой духовных ценностей и символизирующей "небытие”.

Сам жанр романа в романе служит для сопоставления мира духовного и мира "небытия”. Сцены из московской жизни: танцующие литераторы с говорящими псевдонимами Глухарёв, Богохульский, Сладкий в ресторане "Дома Грибоедова”, представление в Варьете, происшествия с дьявольскими деньгами — рисуются при помощи приниженного стиля. Но стоит перелистнуть несколько страниц, и мы увидим: "Солнце уже снижалось над Лысой горой, и была эта гора оцеплена двойным оцеплением” — строки, повествующие о самом важном событии в духовной жизни человечества — распятии Иешуа. Евангельский стиль как бы спорит с разговорным, и спор этот вторит столкновению "бытия” с "небытием”.

Булгаков не предоставляет нам права выбирать, кто прав в этом споре. На балу нечистой силы Воланд показывает неверность "той теории, что при отрезании головы жизнь в человеке прекращается, он превращается в золу и уходит в небытие”. Наказание за веру — в самой вере. "...Каждому будет дано по его вере. Да сбудется же это!” — восклицает Воланд и делает из черепа своего противника Берлиоза рюмку, отправляя его в небытие.

Наказание за вину лежит в самой вине — одна из идей романа. Предатель, "наушник и шпион” барон Майгель, задачей которого было "подсмотреть всё и подслушать всё, что можно”, на балу, убит. Его кровь выпита мессиром из чаши-черепа, и душа барона отправилась вслед за обладателем этого черепа. Иуда, вина которого состояла в том, что он за деньги задал Иисусу провокационный вопрос и, не ведая того, предал Иисуса, в наказание был убит в Гефсиманском саду, причём также по неведомым ему причинам. Но, в отличие от Евангелия, где Иуда совершает "предательское лобзание” и где ему нет прощения, в романе "Мастер и Маргарита” он прощён, ибо он не ведал, что творил.

Предательство совершает ещё один герой романа, "сын короля-звездочёта, жестокий пятый прокуратор Иудеи, всадник Понтий Пилат”. Он побоялся погубить свою карьеру и отступил перед требованием Синедриона казнить странствующего философа. Понтий Пилат предал своё стремление к истине и был наказан осознанием своей вины и бессмертием, которое он ненавидел. Однако именно осознание вины, то духовное преображение, которое внёс в его жизнь Иешуа и которое символически представлено в виде освобождения от болезни, в конечном итоге позволило ему обрести прощение и "покой”. После освобождения он, не задумываясь, предотвратил бы казнь, будь у него такая возможность.

Мастер и Маргарита, в отличие от Понтия Пилата, изначально не способны на конформизм. За неподчинение окружающему "небытию”, за процесс постижения истины, переродившийся в создание романа, Мастер попадает в клинику Стравинского. "Невидима и свободна!” — первые мысли, которые возникли у Маргариты после того, как она стала ведьмой. В Маргарите и до превращения было что-то от ведьмы — сильное чувство внутренней свободы. Мир Мастера и Маргариты несовместим с миром "небытия”, поэтому их семейный очаг напоминает островок, который вот-вот будет поглощён окружающей стихией. По мысли автора, только в этих условиях могла родиться истина в душе человека.

Единственный вопрос, не получивший в романе однозначного ответа, — это вопрос Понтия Пилата: "Что есть истина?” Воланд, точно предсказавший судьбу многих героев романа, неопределённо высказался о разговоре прокуратора и Иешуа об истине: "...может быть, они до чего-нибудь договорятся”. Автор не отбирает у читателя права самому выбирать свою истину.

Финал романа печален и грустен. Если в пьесе "Фауст” Гёте даёт личностям, ищущим истину, надежду на "свет”, то Мастер может рассчитывать только на "покой”. Истоки этого пессимизма — в трагической судьбе М.А. Булгакова, с конца двадцатых годов писавшего только "в стол”, в трагизме XX века вообще. И всё-таки вместе с печалью и грустью после прочтения остаётся какое-то светлое ощущение. В мире есть истина; её очень трудно, но возможно постичь. В мире есть "свет”, иначе не было бы тени от шпаги Воланда.