Царь Алексей Михайлович умер в начале 1676 г., всего 45–46 лет от роду. После него осталась большая семья. Первая жена царя Алексея Марья Ильинишна (§ 81) умерла ранее мужа, оставив ему двух сыновей, Федора и Ивана, и много дочерей. После ее кончины царь Алексей женился вторично, взяв за себя воспитанницу своего друга А.С. Матвеева Наталью Кирилловну Нарышкину. В 1672 г. (30 мая) у Натальи Кирилловны родился сын Петр. Таким образом, при царе Алексее в царском семействе естественно образовалось два круга родных. Первый состоял из всех старших детей царя с их ближайшею роднёю Милославскими, из рода которых происходила покойная царица Марья Ильинишна. Второй круг составляли царица Наталья Кирилловна и ее сын Петр с их приближенным Матвеевым и роднёю Нарышкиными. Оба круга царской родни не любили друг друга и готовы были на ссору. Главною причиною их вражды было то обстоятельство, что царевичи Федор и Иван не отличались физическою крепостью и не подавали надежды на долголетие, а младший царевич Петр цвел здоровьем. Являлась поэтому мысль, что Петру суждено стать царем, несмотря на то, что он был самым младшим из братьев. На это надеялись Нарышкины и этого очень боялись Милославские; понятно, что между ними не могло быть никакой приязни. Только страх перед царем Алексеем сдерживал всякие проявления семейной розни и вражды.

Когда же царь Алексей Михайлович скончался и на престол по московскому обычаю вступил его старший сын, 14-летний царевич Федор Алексеевич, вражда не замедлила открыться. Начались ссоры и интриги. Боярин А.С.Матвеев, стоявший тогда во главе всех дел, был оклеветан перед царем и сослан на далекий север (в Пустозерск); Нарышкины же были удалены от царя. Милославские думали получить после этого влияние и власть. Но вышло так, что не они воспользовались падением Матвеева. Молодой государь был под сильным влиянием своих личных любимцев и друзей (придворных Ив. Макс. Языкова и Алексея Тим. Лихачева). Эти молодые и по-новому образованные люди получили главное значение при слабом и молодом государе. Таким образом, рядом с двумя враждовавшими придворными кругами царской родни, Милославских и Нарышкиных, возник еще третий кружок — боярский. Все короткое царствование Федора Алексеевича было наполнено борьбою и взаимными интригами этих кружков; после же смерти Федора эта борьба породила и открытую смуту.

Из государственных дел при царе Федоре Алексеевиче особенную важность имел мир (точнее — перемирие на 20 лет) с турками, которые вмешались в малороссийские дела еще в царствование Алексея Михайловича (§ 95). Вследствие обращения гетмана Дорошенка к султану турки предъявили свои права на Правобережную Украину и пытались занять столицу правобережных гетманов г. Чигирин. Московские воеводы уступили им Чигирин лишь после упорной обороны. Так как долгая война за Украину и постоянные набеги татар и турок совсем разорили правый берег Днепра, то правобережное казачество стало уходить оттуда и массами переселялось на восток, на левую сторону Днепра, в область Сев. Донца (Слободская Украина). Московское правительство не дорожило поэтому опустошенными правобережными областями и легко уступило их (кроме Киева) султану по договору, заключенному в 1681 г. (в Бахчисарае). Так, наконец, завершилась для Московского государства борьба за Малороссию, тянувшаяся более двадцати лет.

Во внутреннем управлении при царе Федоре Алексеевиче заметно было господство новых культурных понятий и влияние на дела просвещенных людей, как московских, так и выезжих (греков и малороссов). Распространялись новые обычаи; усиливалась мода на польско-литовские костюмы и книги; задуманы были многие реформы. Между прочим, задумана была и учреждена Славяно-греко-латинская академия — высшее богословское училище, в котором могли обучаться люди всех сословий. Академия не только служила для образования учащихся, но должна была стать оплотом православия и блюсти чистоту веры в Московском государстве. Первыми ее преподавателями были выписанные с востока греки (братья Лихуды).

Одновременно с заботами о просвещении шло обсуждение широкой военной реформы. Была сознана необходимость усиления и улучшения регулярных войск иноземного строя, которые получили свое начало еще при царе Михаиле Федоровиче. В конце 1681 и в начале 1682 г. рассмотрение этого важного вопроса было поручено просвещенному вельможе князю Вас. Вас. Голицыну (§ 89) и целой комиссии выборных дворян. Комиссия предположила, в ряду мер для упорядочения воинской службы, между прочим, и то, чтобы дворяне служили по новому порядку в регулярных войсках и оставили устарелый обычай местничества, очень вредный для воинского порядка и дисциплины (§ 54). Государь с сочувствием отнесся к предположениям служилых людей и устроил торжественное заседание высшего духовенства и бояр, целый «собор», для отмены местничества (январь 1682 г.). Весь собор согласно и торжественно осудил и отменил «враждотворный» и «братоненавистный» обычай, причем даже были сожжены у дворца (на «сенях») те «разрядные книги», в которых записывались местнические «случаи и дела». Вместе с тем взамен старого «государева родословца», в котором были записаны знатные московские роды, приказано было составить новые родословные книги для всего потомственного дворянства. Смерть Федора Алексеевича (в апреле 1682 г.) прервала дальнейшие занятия воинскими преобразованиями, потому что вслед за кончиною этого государя в Москве последовали внутренние замешательства и смуты.

Царь Федор Алексеевич скончался всего 20-ти лет от роду. Его первая жена (из фамилии Грушецких) и малютка сын умерли еще в 1681 г. Царь Федор женился вторично (на М.М Апраксиной), но жил со второю женою всего два месяца, и Москва осталась без прямого наследника престола.