Поведение Петра, его нелюбовь к московской старине и «немецкий» характер его реформ вооружали против Петра слепых ревнителей старины. Представители «старой веры», раскольники, ненавидели Петра и почитали его прямо антихристом. И между «никонианами» находилось достаточно людей, которые не могли примириться с Петром и думали, что необходимо протестовать против его действий и нравов. Все такие люди искали опоры в патриархе и ждали, что именно он и возьмет на себя долг стать против «ересей» Петра. Бывший в юности Петра патриархом Иоаким, как уже сказано (§ 100), очень далеко разошелся с государем в отношении к иноземцам. Его преемник Адриан (1690–1700) был менее настойчив и крут, чем Иоаким, но также не сочувствовал Петру и не скрывал своего осуждения всему тому, что делал молодой государь. Также несочувственны были Петру и прочие архиереи старого московского направления. Так, например, знаменитый св. Митрофан Воронежский умел поддерживать Петра в его борьбе за Азов, но открыто осуждал его за пристрастие к иноземному. При таких обстоятельствах, когда Адриан умер (1700), Петр и не решился избрать нового патриарха. Он поручил исправление патриаршей должности («местоблюстительство патриаршего престола») Рязанскому митрополиту Стефану Яворскому и надолго оставил этот временный порядок. Только в 1721 г. последовала реформа церковного управления, которую Петр обдумал со своим любимцем и сотрудником, ученым псковским епископом Феофаном Прокоповичем. Реформа состояла в том, что патриаршество было упразднено вовсе и заменялось «соборным управлением». Учреждена была из лиц, принадлежащих к духовенству, духовная коллегия, названная синодом. Состав синода был такой же, как и прочих коллегий: президент (Стефан Яворский), два вице-президента (из них один был сам Феофан Прокопович), советники, асессоры и секретари. При синоде состоял и обер-прокурор. В делах веры синод имел силу и власть патриаршескую, но вместе с тем он стоял в ряду прочих коллегий, подчиняясь надзору генерал-прокурора и сената. Так разрешил Петр вопрос о церковном управлении, коренным образом уничтожив возможность столкновения представителей царской и церковной власти.

При Петре было очень сокращено, можно даже сказать, почти уничтожено еще существовавшее в XVII в. церковное общество (§§ 12, 14). Церковные крестьяне в 1701 г. были, вместе с вотчинами духовенства, переданы в управление светского «монастырского приказа» и доходы с них стали сбираться в казну, а казна по установленным штатам выплачивала от себя постоянные ежегодные оклады их прежним владельцам. (С течением времени синод исхлопотал, чтобы управление церковных вотчин перешло от «гражданских правителей» в ведение синода.) Рекрутская повинность и подушная подать были распространены на всех приписанных к церкви людей, кроме только священнослужителей и церковнослужителей с их семьями. Право церковного суда было ограничено: многие дела были переданы в ведение светского суда, а в церковном суде стали участвовать представители светской власти. Наконец, в 1724 г. Петр издал особый закон о монашестве, который ставил иноков под строгий надзор и вовсе уничтожал состояние перехожих, бродячих монахов. Поводом к изданию этого закона послужило известное Петру враждебное отношение монашества к его деятельности и личности. Таким образом, при Петре государственная власть сильно ограничила состав церковного общества, взяв из него в государственное подчинение большую часть составлявших его лиц, и установила больший контроль над внутренней жизнью и деятельностью церкви.