Не менее важным делом в церковной жизни в патриаршество Никона было исправление богослужебных книг и церковный раскол.

До появления в Москве книгопечатания при Иване Грозном церковные книги на Руси переписывались от руки. Писцы работали без должного надзора, допускали много описок и ошибок и, окончив работу, не проверяли своих рукописей. Поэтому в писаных книгах с течением времени накопилось очень много бессмыслиц и неверностей. Стоглавый собор 1551 г., сознавая неудобство и соблазн такого положения дела, требовал, чтобы духовенство принимало меры к исправлению плохих книг и «правило» их само, сличая с хорошими рукописями. В то же время (1553) в Москве решили учредить «печатный двор» для изготовления печатных книг, в которых можно было иметь однообразный, проверенный и исправленный текст. Московский «первопечатник» дьякон Иван Федоров устроил типографию в Москве и с 1563 г. начал печатать в ней церковные книги. Однако дело не пошло: из-за каких-то неудовольствий Иван Федоров переселился из Москвы в Литву, и типография заглохла. Она была восстановлена после смуты, когда во всем государстве, вследствие разорения, грабежей и пожаров, стала большая нужда в церковных книгах. В первые же годы царствования Михаила Федоровича в Москве начали печатать церковные книги под руководством известного нам Троицкого архимандрита преп. Дионисия и некоторых других монахов Троице-Сергиева монастыря. Однако и на этот раз начались неудовольствия. Лица, наблюдавшие за печатанием, так называемые «справщики», ссорились между собою; Дионисий был ими обвинен в ереси и заточен в монастырь, где пробыл до тех пор, пока не был оправдан и освобожден патриархом Филаретом.

Дело в том, что исправлять церковные книги было очень нелегко. Они в течение веков не один раз переводились с греческого языка, и потому молитвы в них читались не всегда одинаково. (Например, в одних рукописях читалось: «Христос воскресе из мертвых, смертию смерть поправ», а в других: «Христос воскресе из мертвых, смертию на смерть наступи».) Надобно было знать, откуда появилась разница в чтении и какое чтение правильнее и лучше; а для этого надобно было знать не только славянские переводы, но и греческий язык, с которого переводили. С другой стороны, в богослужебных книгах русских были записаны и узаконены такие обычаи и обряды, которые развились от обычаев и обрядов греческих. На Руси крестились, например, двумя перстами, а на греческом Востоке — тремя; в русских богослужебных книгах говорилось в одних о двуперстном крестном знамении, а в других — о троеперстном. В символе веры читалось лишнее слово: «и в Духа Святого Господа истинного и животворящего». Все эти и другие, подобные им, особенности возникли и утвердились в русской церкви исподволь и получили для русских людей значение святой старины. Раньше, чем исправить или переменить их согласно с греческими, надобно было исследовать дело и доказать, что греческие обряды и обычаи правильнее русских. Разумеется, это было очень затруднительно. В Москве мало знали греческий язык и греческую науку, а самих греков привыкли подозревать в том, что они утратили чистоту веры благодаря Флорентийской унии и турецкому игу. Поэтому нельзя было заставить московских людей легко поверить в превосходство греческого церковного обряда. Напротив, вера в то, что Москва есть «новый Израиль» и глава всего «православия» (§ 53), заставляла московских патриотов держаться крепко за старые русские обычаи и обряды и говорить, что своею старою верою русские люди издавна умели угодить Богу, спасти свои души и возвести свою родную землю на высшую степень благочестия и славы.

Патриарх Филарет и его ближайшие преемники вполне понимали трудности книжного исправления и сознавали необходимость в этом деле обращаться к греческим рукописям, приглашать греческих и киевских ученых богословов и с их помощью заводить в Москве школы для обучения греческому языку. В особенности при патриархе. Иосифе, предшественнике Никона, оживились сношения Москвы с греческим Востоком. Из Москвы на Балканский полуостров посылались люди для приобретения там древних греческих рукописей и для изучения греческих обрядов и церковных обычаев. В Москву часто приезжали греческие архиереи и монахи, которых привлекали к делу исправления книг, совещаясь с ними, доверяя им надзор за переводом греческих текстов и поручая им преподавание греческого языка московской молодежи. В то же время в Москву приглашались ученые монахи из Киева, где существовало тогда высшее православное училище (академия). В Москве эти монахи образовали целое братство и также трудились над исправлением книг и обучением московских людей латыни и греческому языку. Благодаря наплыву посторонних ученых дело книжного исправления пошло энергичнее, но в то же время стало возбуждать горячие споры. Одни смущались приглашением греков и киевлян, говоря, что у них нет истинного благочестия и они могут только исказить и испортить книги, а не исправить их. Другие же уверяли, что греки твердо сохраняют православную веру и ничего «не изронили» в ней. Во время этих-то споров Никон вступил на патриарший престол и взял в свои руки книжное исправление.