В первое время после низвержения Софьи Петр мало интересовался государственными делами и все свое время посвящал либо маневрам со своими «потешными», либо плаванию на кораблях и кораблестроению. Свои «Нептуновы потехи» молодой государь перенес с Переяславского озера в Архангельск. Море произвело глубокое впечатление на Петра и неудержимо стало тянуть его к себе.

Между тем управление государством оставалось в руках царицы Натальи, ее родных и патриарха. По обстоятельствам того времени они дали делам такое направление, которое не могло нравиться Петру. Сам государь дружил с иноземцами; а правительство, напротив, стало к ним очень холодно. В особенности патриарх Иоаким вооружался против них. В правление Софьи патриарху пришлось видеть много неприятностей от выезжих киевлян и их московских друзей. Киевляне свободно распространяли в Москве свои церковные обычаи и высказывали мнения, иногда отличавшиеся от московских. Иоаким поставил дело так, что созванный им собор 1690 г. заподозрил правоверие киевского духовенства, и с тех пор киевские монахи и киевские ученые потеряли свое привилегированное положение в Московском государстве и как бы подверглись гонению. Вместе с тем и другие иноземцы перестали пользоваться покровительством в московском дворце. Патриарх и на них воздвиг гонение, считая их причиною всех зол в государстве. И это в то время, когда молодой царь находился в личной дружбе со многими немцами!

Патриарх Иоаким умер в 1690 г. Несмотря на желание Петра иметь ученого патриарха, духовенство избрало на патриаршество одного из московских неученых архиереев Адриана, столь же враждебного новшествам, как и Иоаким. За Адриана была мать царя Петра. Она продолжала, без всякого видимого участия сына, править государством до самой своей смерти, которая последовала в 1694 г.