Весною 1654 г. началась война Москвы против Польши и Литвы. Московские войска одержали ряд блестящих побед. В 1654 г. был взят ими Смоленск, в 1655 г. — Вильна, Ковна и Гродна. В то же время Хмельницкий взял Люблин, а шведы вторглись в Великую Польшу. Речь Посполитая погибла совсем. Ее спасла только ссора Москвы со Швецией. Не желая допустить успехов шведов, царь Алексей заключил перемирие с поляками и начал войну со шведами, в которой, однако, успеха не имел.

Тем временем умер Богдан Хмельницкий (1657) и в Малороссии началась смута, направленная против Москвы. Когда происходило присоединение Малороссии к Москве, московское правительство понимало дело так, что малороссы идут в подданство русскому царю. Поэтому из Москвы посылали гарнизоны в малороссийские города (особенно в Киев), желали держать в Малороссии своих воевод и думали подчинить малороссийскую церковь Московскому патриарху. В Малороссии же смотрели на это косо. Малороссийские вожаки, казачья «старшина» (гетман, его выборные помощники, затем полковники и сотники отдельных казацких полков) желали себе полной автономии и смотрели на свою страну как на особое государство. Видя московскую политику, они не желали подчиняться ей и уже мечтали об отделении от Москвы и о новом договоре с Польшей. В этом направлении и повел дело выбранный по смерти Хмельницкого в гетманы Иван Выговский. Однако против «старшины» стали простые казаки, не желавшие возвращения к Польше. Началось кровавое междоусобие. Выговский открыто восстал против Москвы и с помощью татар нанес страшное поражение московским войскам под г. Конотопом (1659). Москва была испугана и удивлена неожиданной изменою, но не пожелала отказаться от Малороссии. Московские воеводы успели заново договориться с новым гетманом Юрием Хмельницким (сыном Богдана), который сменил Выговского, и Малороссия была за Москвою, пока на гетманстве сидел этот Хмельницкий. Когда же он оставил должность, Малороссия разделилась на две части. Полки, бывшие на левом берегу Днепра, избрали себе особого гетмана (запорожского атамана Брюховецкого) и остались за Москвою. Они получили название «Левобережной Украины». А вся «Правобережная Украина» (кроме Киева) отпала к Польше со своим особым гетманом.

С началом смут в Малороссии совпало начало новой войны Москвы с Речью Посполитой. Эта война тянулась десять лет (1657–1667) с переменным успехом. Она шла в Литве и в Малороссии. В Литве русские терпели неудачи, в Малороссии держались крепко. Наконец, истомленные войною, оба государства решились на мир. В 1667 г. в деревне Андрусове (недалеко от Смоленска) было заключено перемирие на 13 с половиной лет. Царь Алексей Михайлович отказался от Литвы, которую завоевали было московские войска; но удержал за собою Смоленск и Северскую землю, отнятые от Москвы в смутное время. Сверх того, он приобрел Левобережную Украину и на правом берегу Днепра г. Киев (Киев был уступлен поляками на два года, но остался за Москвою навсегда).

Таким образом, по Андрусовскому договору Малороссия осталась разделенною. Понятно, что это не могло удовлетворить малороссов. Они искали себе лучшей доли всякими путями — между прочим, думали поддаться Турции и с ее помощью добыть независимость от Москвы и Польши. Брюховецкий изменил Москве и вместе с правобережным гетманом Дорошенком отдался султану. Результатом этого рискованного шага было вмешательство турок в малороссийские дела и их набеги на Украину. Царь Алексей умер в то время, когда над Москвою висела опасность турецкой войны. Так при этом государе малороссийский вопрос еще не получил своего разрешения.