По общему мнению, наследовать Федору должен бы был следующий за ним его брат Иван. Но 15-летний Иван был очень болезнен и малоумен и, конечно, не мог принять власти. Зная это, любимцы царя Федора (Языков, Лихачев и др.), пред кончиною царя, сблизились с Нарышкиными, призвали в Москву из ссылки боярина Матвеева и устроили дело так, что тотчас по смерти царя Федора патриарх Иоаким и бояре провозгласили царем младшего царевича Петра мимо старшего Ивана. Хотя патриарх обратился за этим делом ко всему народу на площади и получил его согласие и сочувствие, однако дело не стало от этого законнее. Избранием младшего брата права царевича Ивана были явно нарушены, и, сверх того, царское избрание было произведено безо «всей земли», без земского собора, который в старину, в минуты междуцарствия, один имел право избирать государя на «вдовевший» московский престол. Понятно, что родные царевича Ивана, его сестры и бояре Милославские, не могли примириться с происшедшим. Самыми умными и решительными среди них были царевна Софья Алексеевна и боярин Иван Михайлович Милославский. Понимая, что против них и их царевича Ивана соединились два придворных кружка (Языкова и Нарышкиных), они решились действовать против тех и других, чтобы отобрать от них власть и влияние. Софья и И. М. Милославский не любили стесняться в средствах и потому не остановились перед открытою смутою. Против своих врагов они подняли стрелецкое войско.

Стрелецкое войско, составлявшее тогда гарнизон Москвы, делилось на полки (или «приказы»). Каждый полк жил в том или другом квартале Москвы (всего более — в Замоскворечье) особою «слободою». Стрельцы со своими семьями помещались в отдельных дворах, вели свое хозяйство, занимались торгом и промыслами в свободное от службы время. Каждый полк (или «приказ») стрельцов управлялся своим полковником, по имени которого и назывался. Всеми же стрельцами ведал особый Стрелецкий приказ, во главе которого в то время стоял дряхлый старик князь Юрий Долгоруков. В последние дни царя Федора Алексеевича среди стрельцов началось недовольство на то, что их полковники допускали частые злоупотребления: заставляли стрельцов работать на себя; задерживали выдачу им жалованья, утаивая часть его в свою пользу, и т. п. Стрельцы жаловались на полковников и сначала не получили никакой управы от кн. Юрия Долгорукова, а затем, наоборот, без суда и следствия получили право взыскивать с полковников свои убытки. После кончины царя Федора правительство показало стрельцам свою слабость и страх перед ними, и это повело к открытым беспорядкам в стрелецких слободах. Стрельцы утратили дисциплину, стали своевольничать и насильничать над своими начальниками (сотниками и пятидесятниками). Таким-то настроением стрельцов и воспользовалась сторона Милославских. Стрельцам дали знать, что во дворце бояре завели измену и что царевича Ивана уже задушили; в руки стрельцам дали и список «изменников-бояр». Стрельцы поверили и начали открытый мятеж.

15 мая 1682 г. они вооруженною толпою пришли в Кремль ко дворцу. Царица Наталья Кирилловна вывела на Красное крыльцо дворца царя Петра и царевича Ивана и показала их стрельцам живых и благополучных. Сам Иван успокаивал мятежников, говоря, что его никто не изводит и что ему не на кого жаловаться. Однако стрельцы не успокоились, вломились во дворец и на глазах у царской семьи зверски убили Матвеева и многих родственников царицы Натальи. Они разошлись и по всей Москве, везде муча и убивая обреченных на погибель бояр. То же продолжалось и на другой и на третий день, пока не были избиты все «изменники». Затем мятежники стали устраивать порядок в государстве по-своему. Себе они обеспечили безнаказанность, потребовав, чтобы в память их подвига против «изменников» был поставлен на площади особый «столп» (памятник), прославлявший их убийства. Далее они требовали, чтобы царевич Иван царствовал вместе с братом Петром и чтобы за несовершеннолетних братьев правила государством царевна Софья (а не царица Наталья). Все это было исполнено. Наступило двоецарствие и началось правление Софьи с Милославскими. Все их недруги и противники были избиты или сосланы; все высшие должности были в их руках. Над стрелецким войском вместо убитого князя Ю Долгорукова был поставлен их друг князь Ив. Андр. Хованский.

Сторона Милославских добилась, таким образом, полного успеха. Однако успокоения в Москве не наступило. Некоторые ревнители «старой веры» сообразили, что и им можно попробовать воспользоваться возбуждением стрельцов и с их помощью попытаться отменить Никоновы новшества. В стрелецких слободах начались проповеди и поучения; стрельцов всячески возбуждали вступиться за старую веру. Хованский держал себя двусмысленно и как будто даже поддерживал староверов. С его помощью, по просьбе стрельцов, летом 1682 г. в Грановитой палате (§ 49) устроено было торжественное собрание духовенства, в присутствии царей и правительницы, для прений о вере. Расколоучители (между которыми всех виднее был священник Никита, прозвищем Пустосвят) вели себя очень уверенно, даже дерзко. Конечно, в одном собрании нельзя было решить сложный вопрос о сравнительном достоинстве старого и нового обряда. Однако староверы, выйдя из Грановитой палаты, кричали на улицах, что они победили, и приглашали народ креститься двумя перстами. Соблазн был очень велик, и правительница Софья упросила стрелецких офицеров переловить расколоучителей; некоторых из них (Никиту) даже казнили. Движение было, таким образом, подавлено, и вопрос о вере заглох. Но поднялась новая тревога. По Москве пошел слух, что князь Хованский сам замышляет переворот с помощью своих стрельцов. Рассказывали, что он хочет погубить царей и Софью и сесть на Московское царство. Хованский действительно держал себя бестактно, делая вид, что он один только и может управиться с буйными стрельцами и поддерживать в Москве порядок. Царская семья испугалась, выехала из Москвы в «потешные» (дачные) села и окружила себя дворянскими отрядами. В день именин царевны Софьи (17 сентября) кн. Хованский с сыном были вызваны к правительнице из Москвы, обвинены во многих злоумышлениях и казнены. Против же стрельцов к Москве были двинуты вооруженные силы, так как была боязнь нового стрелецкого бунта. Однако испуганные стрельцы не поднялись против правительства; напротив, они принесли повинную во всех своих буйствах и сами просили уничтожить тот почетный «столп», который был сооружен в память 15 мая. Стрелецкое движение прекратилось, и в конце 1682 г. царевна Софья с братом Иваном возвратилась в московский дворец. Царь же Петр с матерью продолжал с тех пор обычно жить в подмосковных селах (всего больше — в селе Преображенском).