Вернувшись из путешествия, Петр сразу обнаружил свое новое настроение. Приехав в Москву; он даже не заехал в московский дворец, а прямо проехал в свое Преображенское. Своей жены Евдокии Федоровны он не видел, а заглазно послал ей приказ идти в монастырь. Против воли отвезли ее в Суздаль и там постригли (в Покровском монастыре, где была пострижена жена великого князя Василия III Ивановича Соломония). Сына своего Алексея (родившегося в 1690 г.) Петр отдал на попечение сестры своей царевны Натальи.

При первом же приеме придворных в Преображенском Петр отдал им приказ впредь носить короткое европейское платье вместо длинного русского и брить бороды. Он сам резал бороды и окорачивал кафтаны у тех, кто упрямился. Право носить бороду сохранило только духовенство и крестьянство. Горожане могли покупать это право, уплачивая известную пошлину и получая ежегодно «бородовой знак». С принудительной переменой внешности узаконялось и вообще господство западноевропейских обычаев в русской жизни. Одним из внешних знаков этого господства стало установление нового летосчисления. До тех пор в Москве считали годы от сотворения мира и праздновали новый год «на Семен день» 1 сентября. Отпраздновав 1 сентября 1699 г. наступление нового 7208 г. по старому счету, Петр велел 1 января вновь праздновать новый 1700 г. и впредь считать годы от Рождества Христова, как и в прочих православных странах.

Одновременно с первыми шагами своих культурных преобразований Петр начал свой страшный стрелецкий розыск.

Стрелецкое возмущение 1698 г. произошло оттого, что стрелецкие полки, выведенные из Москвы в Азов и на польскую границу, были очень недовольны своим положением. Стрельцы видели нелюбовь и недоверие к ним царя, понимали, что их удалили из столицы надолго, и ожидали, что стрелецкое войско будет вовсе уничтожено. Стоя на границах в тесноте и грязи, получая скудное довольствие, стрельцы роптали и посылали в Москву за вестями, чего им ждать далее. Когда из Москвы пришли смутные и вздорные вести, что царя в царстве нет и что впереди надо ожидать только дурного, стрельцы не выдержали. Несколько стрелецких полков вышло из повиновения и двинулось к Москве — к своим семьям и хозяйствам. Навстречу ослушникам из Москвы вышли регулярные войска с пушками. При первой же встрече с ними (у Нового Иерусалима, или Воскресенского монастыря) стрельцы положили оружие и побежали. Их переловили и наказали: многих казнили, а прочих посадили под стражу.

Возвратясь в Москву, Петр нашел, что дело о стрельцах недостаточно исследовано и преступники недостаточно наказаны. Начался новый «сыск» (следствие) и пытки. Под пытками некоторые стрельцы показали, что их поднимала на бунт царевна Софья из Новодевичьего монастыря, где она жила. Хотя этот оговор и не был достаточно доказан, однако Петр поверил ему. Он объявил вину сестры выборным от народа, приглашенным во дворец, и велел постричь Софью в монахини в том же Новодевичьем монастыре. Стрелецкое же войско Петр решил вовсе уничтожить. До 2 тыс. стрельцов было казнено смертью в разных концах Москвы. Остальные стрельцы были распущены из полков, и их было даже запрещено принимать в солдаты. Так разделался Петр со стрелецким войском, в котором видел оплот своих недругов и семя всякого зла.