До 1589 года Русская православная церковь, являясь официальной религией могущественного государства, претендовавшего заменить собой Византийскую империю (к этому времени попавшую под власть турецких завоевателей), формально оставалась всего лишь одной из митрополий константинопольского патриархата. Необходимо было ликвидировать эту номинальную зависимость, приведя правовое положение русской церкви в соответствие с ее фактическим положением среди других православных церквей.

Учреждение патриаршества диктовалось также угрозой православию со стороны католичества, которая нависла над Юго-Западной Русью, входившей в состав Польско-Литовского государства: с установлением в Русском государстве патриаршества Киевская митрополия подпала бы под эгиду Русской православной церкви и получила бы защитника. Благоприятная ситуация для решения указанной проблемы возникла, когда в 1588 году в Москву за «милостыней» (так называли тогда денежные субсидии) приехал константинопольский патриарх Иеремия. Здесь он попал в сети, расставленные Борисом Годуновым, который был уполномочен царем Федором Ивановичем вести переговоры.

Когда Иеремия отказался произвести в сан Патриарха Московского и всея Руси русского митрополита Иова, было решено не выпускать его из России до тех пор, пока он не даст согласия на учреждение новой патриархии, причем в качестве приманки было дано пустое обещание сделать русским патриархом его самого. Иеремия неосмотрительно согласился, после чего ему предложили жить не в Москве, а в захолустном Владимире, мотивируя это незнанием им русского языка и местных обычаев, а также нежеланием царя отпускать из Москвы митрополита Иова. Стать русским патриархом на таких условиях Иеремия отказался, однако взять назад свое согласие относительно учреждения в Русском государстве патриаршества уже не мог.

В январе 1589 года в Москве был созван церковный собор из высших иерархов, на котором митрополит Иов был рукоположен как Патриарх всея Руси. Кстати, спустя 9 лет после указанных событий, в феврале 1598 года, поддержка патриарха Иова сыграла решающую роль в избрании царем Бориса Годунова.