В начале Троянской войны Эней оставался в Дардании, городе на склоне горы Ида. Хотя Эней и помог Парису похитить Елену, он пытался сохранить нейтралитет, поскольку не хотел подчиняться Гектору, возглавившему оборону Трои, а также обижался на троянского царя Приама, который, как он считал, относился к нему с пренебрежением. Все изменилось, когда Ахилл устроил набег на Дарданию, захватил стада Энея и перебил пастухов. Эней пытался укрыться в городе Лирнессе, но греки захватили и разграбили и этот город. Лишь тогда Эней во главе дарданов выступил на помощь троянцам.

Обороняя от греков Трою, Эней показал себя умелым воином, среди троянцев уступавшим лишь Гектору, плечом к плечу с которым он сражался против врага. Он участвовал в важнейших сражениях, от его руки погибло много греческих героев. Афродита, его мать, часто помогала Энею в битве, а однажды, когда Диомед камнем сломал ему бедро, спасла от гибели. Когда же Диомед ранил и Афродиту, поразив копьем в запястье, Аполлон унес Энея с поля боя, чтобы Лето и Артемида смогли его вылечить.

Во время поединка Энея с Ахиллом, когда Энею угрожала верная смерть от руки греческого героя, его спас, окутав непроницаемым облаком, Посейдон, который, хотя и относился враждебно к троянцам, уважал предначертания судьбы и знал, что Энею суждено сохранить царский род Дардана. Во время войны Эней женился на троянской царевне Креусе, которая родила ему сына Аскания. Некоторые утверждают, что в последний год войны Эней присоединился к Антенору в требовании выдать грекам Елену и заключить справедливый мир.