По наиболее распространенной версии мифа, Эней и несколько его соратников отчаянно и безуспешно пытались оказать сопротивление грекам на улицах пылающей Трои. Эней был свидетелем смерти Приама и торжества Неоптолема в царском дворце.

Под влиянием своей божественной матери Афродиты, а также совета, полученного от тени Гектора, которого он видел во сне прошлой ночью, Эней решил бежать из города, прихватив с собой все, что сможет. Анхис (отец Энея), вначале не хотел покидать Трою, но знамения – мощный удар грома, а также пламя над головой Аскания (сына Энея), которое не могла погасить вода, – заставили его изменить свое решение.

Эней собрал всю семью и нескольких преданных ему людей и вместе с ними покинул город, неся на плечах отца и ведя за руку сына, при этом Анхис держал в руках палладий, домашние пенаты и священные сосуды. Последней шла Креуса, жена Энея, которая в темноте и дыме отстала и потерялась. Когда, оставив отца и сына в святилище Деметры, Эней бросился на поиски жены, ему внезапно явился призрак Креусы. Призрак сообщил, что Креуса теперь находится под покровительством Великой матери Кибелы и искать ее больше не надо, а затем, как утверждают некоторые, предсказал, что Энею суждено после долгих странствий найти новую родину в Италии.

Несколько месяцев Эней и присоединившиеся к нему немногие уцелевшие троянцы строили двадцать кораблей. Спустив их на воду, Эней пустился в путь, еще не зная точно, где ему суждено обосноваться, но надеясь построить город во Фракии. Там, однако, призрак Полидора, младшего сына Приама, велел троянцам следовать дальше. На острове Делос оракул Аполлона приказал Энею найти «древнюю мать» его рода. Анхис предположил, что оракул имеет в виду Крит, родину Тевкра, чей потомок Ил основал Трою. Прибыв на Крит, где в это время свирепствовала чума, Эней услышал во сне от пенат, что оракул Аполлона говорил о родине не Тевкра, а его зятя Дардана, который родился в итальянской Этрурии.

В Эпире троянцы встретили своего соотечественника прорицателя Елена, который вместе со своей женой Андромахой (ранее любимой супругой Гектора) царствовал здесь. Елен предрек Энею, что ему суждено стать родоначальником великой нации и посоветовал отправиться на Сицилию.