В 1953 году завершился Тридентский собор, который принял декреты о правах и обязанностях епископов, об организации семинаров для подготовки духовенства, монашеской дисциплине.

Собор отчетливо сформулировал католическое учение о Священном Писании, спасении, церковных таинствах, чистилище, почитании святых, их реликвий и изображений.

Вся это реформа была направлена в противовес протестантам и называлась контрреформация. Появились новые монашеские ордена, самым известных из которых является орден иезуитов, созданный святым Игнатием Лойолой в 1534 году. В ордене была строгая дисциплина, и, вдобавок ко всему, его члены давали особый обет послушания папе, который мог поручить им любую миссию, полезную для блага Церкви. Иезуиты основали учебные заведения, которые давали лучшие знания по тем временам, вели миссионерскую деятельность среди протестантов и в нехристианских странах. Именно иезуиты вернули в католичество Польшу.

В эпоху Просвещения, когда бурно развивались естественные науки, известные философы Дидро, Вольтер, Руссо критиковали экономические и политические привилегии Церкви. В Европе торжествовал «просвещенный абсолютизм» и были приняты законы государственного контроля над Церковью. Вследствие этого Церковь стала частью государственного аппарата. Была проведена секуляризация церковных земель, закрыты многие католические учебные заведения. В 1773 году по настоянию европейских монархов папа распустил орден иезуитов.

Еще большим ударом для Церкви стали Французская революция и завоевания Наполеона. Во время революции многие священники были казнены, а Наполеон конфисковывал большинство церковных владений и присоединил их к Франции, а также пленил папу Пия VII. Позже, в годы Реставрации, орден был воссоздан, а Церковное государство восстановлено, но вернуть обратно все земли не удалось.

В XIX веке в некоторых странах закрепились принципы политического либерализма, в частности, свободы совести и отделения Церкви от государства. В 1864 году папа Пий IX осудил идеи либерализма.

В 1870 году Италия объединилась и захватила остаток Церковного государства со столицей в Риме. Пий IX отказался признать новое государство и объявил себя пленником в Ватиканском дворце. Папы потеряли светскую власть. Это нанесло новый удар по католической Церкви.

В XX веке появились государства с тоталитарными режимами (итальянский фашизм, германский национал-социализм, коммунистические режимы в ряде стран). Католическая Церковь старалась сохранить со всеми этими странами мирные отношения, но сумела осудить расизм, тоталитаризм, воинствующий атеизм. Тем не менее действия Церкви подвергались критике демократическими и либеральными кругами европейского общества.

В годы Второй мировой войны папа не делал публичных выступлений, открыто не осуждал преступную политику германского нацизма в отношении целых народов, подвергавшихся расовой дискриминации и уничтожению. Некоторые круги критиковали папу за молчание, хотя католическому духовенству удалось спасти от уничтожения более 700000 человек. Многие католики участвовали в движении Сопротивления.

Многие католики признали демократию политическим устройством, наиболее близким к религиозным идеалам.

Самым значительным событием для католической Церкви в XX веке стал II Ватиканский собор (1962–1965), одобривший обновление внутри Церкви и диалог с католическим миром. Были проведены принципиальные реформы по ослаблению центра и передаче полномочий на епископские конференции на местах, принят документ о принципах религиозной свободы. В качестве наблюдателей на Соборе присутствовали делегации многих некатолических Церквей, в том числе и Русской Православной Церкви. Во время работы Собора в 1965 году папа Павел VI и Константинопольский патриарх Афинагор сняли взаимные отлучения от церкви 1054 г.

Католичество в России было запрещено в 1612 году, после изгнания польско-шведских интервентов. С присоединением к России Украины и Белоруссии влияние католической культуры и духовенства усилилось. При царевне Софье в 1684–1689 гг. в Москве открылась школа иезуитов и возникла первая русская католическая община во главе с диаконом Петром Артемьевым. После свержения Софьи иезуиты были изгнаны, а Артемьев заточен в Соловецкий монастырь.

При Петре I в России работало много иностранцев-католиков. Они получили разрешение построить католический храм и школу. Особенно численность католиков увеличилась после раздела Польши. По приглашению Екатерины II в Россию приехало много немцев, они основали ряд поселений на юге России.

В 1847 году был заключен первый в истории договор Святого Престола с Россией, но восстание поляков в 1863 году разорвало этот договор. Власти России подозревали католичество в подстрекательстве к восстанию. Поляки были сосланы в Сибирь, где они образовали католические общины.

К началу XX века в России проживало более 10 млн. Католиков. В 1842 году в Санкт-Петербурге открылась католическая духовная академия. Во времена Советского Союза католическая Церковь тоже подвергалась репрессиям, храмы закрывались.

В 1946 году к Русской Православной Церкви были присоединены греко-католики Западной Украины. В Литве и Латвии католические общины продолжали существовать.

В настоящее время в России существуют 4 епархии католиков с центрами в Москве, Саратове, Новосибирске и Иркутске. Заново появились монашеские ордена францисканцев, доминиканцев, иезуитов. По разным оценкам, в современной России проживает от 400 до 600 тысяч католиков.