Аменхотеп взошёл на престол в 1364 году до Р.Х. пятнадцатилетним юношей. Блистательная Египетская империя находилась в это время в зените своего могущества, хотя стали ощущаться уже и первые признаки упадка. На севере и на востоке постепенно крепли молодые государства — Ассирия и держава хеттов. Сирийские царьки, давно не видавшие под стенами своих столиц египетской армии, начали проявлять непокорность. Однако вместо того чтобы сосредоточиться на проблемах внешней политики, Аменхотеп всецело отдался религиозным реформам. Подробности его преобразований нам неизвестны, но мы можем судить о них по многочисленным изображениям той эпохи. С первых лет царствования Аменхотепа ощущается пристрастие молодого фараона к культу Солнца, причём не в древних его формах поклонения солнечным богам Амону и Ра, а в горячем почитании третьестепенного и до той поры почти неизвестного бога «видимого Солнца» Атона. Первым храмом, построенным при Аменхотепе, стал именно «Дом Атона». Впрочем, никаких признаков отрицания старых богов в это время ещё не было заметно. Никто не возбранял придворным изображать и призывать в гробницах любые древние божества и даже представлять фараона и его мать почитающими их. Однако Аменхотеп значительно умерил свои пожертвования храмам других богов, в то время как жречество Атона получало неисчислимые подношения.
Около 1360 года до Р.Х. Аменхотеп провозгласил Атона-Ра царствующим фараоном. (Летоисчисление продолжали вести по годам царствования самого Аменхотепа, но после числа перестали вставлять обычную с древних времён формулу «при Аменхотепе», поскольку первым фараоном отныне считалось Солнце.) В повседневную жизнь двора были включены многочисленные религиозные церемонии в честь Атона, в добровольного жреца и пророка которого превратился фараон. Вслед за «воцарением» Солнца резко изменилось его изображение. Прежний образ человека с головой сокола, увенчанной солнечным кругом, заменился новым: круг с солнечной или царской змеёй спереди и множеством устремлённых вниз лучей с кистями человеческих рук на концах. Такой способ изображения Солнца при полном отказе от его очеловечивания наглядно свидетельствовал, что за своим божеством фараон признавал только один облик зримого Солнца. Около 1358 года до Р.Х., в шестой год своего правления, Аменхотеп объявил о намерении построить новую столицу. Одновременно он убрал из царской титулатуры всё, что напоминало о прежней столице и её боге, а взамен ввёл наименования в честь Солнца и нового города. Вместо прежнего личного имени «Аменхотеп» (т. е. «Амон доволен») фараон принял имя Эхнатон (т. е. «Полезный Атону»). Место для новой столицы было выбрано в Среднем Египте, на правом берегу Нила, где горы, отступая полукругом от реки, образовывали просторную равнину (ныне это место известно под названием Эль-Амарны). Город получил название Ахетатон (что значит «Небосклон Солнца»). Его центром стал грандиозный храм Атона — величайшее сооружение древности длиной около 800, а шириной — 300 метров.
В следующие годы заметны уже первые проявления неприятия старого фиванского бога Амона. Явный тому знак видится в том, что чиновники и сподвижники Эхнатона вслед за ним переиначивают свои имена, удаляя из них имя Амона. Более того — имя отверженного Амона стали уничтожать везде, где только находили: на стенах храмов, на вершинах колонн, в гробницах, на изваяниях, на погребальных плитах, на предметах дворцового обихода и даже на клинописных посланиях иноземных властителей. Религиозный переворот завершился около 1352 года до Р.Х. К этому времени был положен конец многовековому господству Фив. Столица переместилась в выросший со сказочной быстротой Ахетатон. Старых богов перестали чтить, а величайший из них — Амон — стал подвергаться преследованию. Государственную поддержку получил культ единственного бога — бога «видимого Солнца» Атона, в честь которого во всех городах воздвигались величественные храмы. Что касается храмов старых богов, то, лишившись царских субсидий, они стали быстро приходить в упадок. Уже после смерти Эхнатона его преемник Тутанхамон писал: «Храмы богов и богинь, начиная от Элефантины и кончая болотами топи в Низовье… были близки к забвению, их святилища были близки к гибели, превратившись в развалины, они поросли растительностью, их обители стали как то, чего не было, их двор стал дорогой для пешехода».
Религиозная реформа сопровождалась быстрым упадком внешнего могущества Египта. Хотя об особе Эхнатона говорили и писали в духе его предков, царей-завоевателей, именуя его «властителем всех народов», реальное положение вещей имело мало общего с подобными притязаниями. Отношения с крупными государствами Ближнего Востока расстроились, так как Эхнатон не желал отправлять их правителям золото с отцовской щедростью. Между тем хетты стали постепенно распространять свою власть на Сирию. Не получая действенной поддержки от Египта, верные ему сиро-палестинские царьки гибли в борьбе с враждебными властителями и собственными подданными. О своём тяжёлом положении они постоянно писали Эхнатону, но фараон оставался глух к их мольбам и не отправлял на помощь даже небольшие отряды египетских солдат. Умер Эхнатон в 1347 году до Р.Х.