В 1462 году, когда умер старый московский князь Василий Тёмный и престол перешёл его 22-летнему сыну Ивану, Русская земля распадалась на множество мелких и крупных политических миров, независимых друг от друга, и среди этих миров Московское княжество было далеко не самым крупным и не самым многолюдным. На севере Московская волость граничила с независимым княжеством Тверским, ещё далее на север и северо-восток за Волгой владения московского князя соприкасались или перемежались с владениями новгородскими, ростовскими и ярославскими. Весь север Восточно-Европейской равнины занимала Новгородская область, которая по своей площади была гораздо больше Московской. К ней на юго-западе, со стороны Ливонии, примыкала маленькая область другого вольного города, Пскова. На западе государство Ивана граничило с Литвой, включавшей в себя южные и западные области прежней Киевской Руси, с городами Полоцком, Смоленском, Киевом и Черниговом. Средним течением Оки, между Калугой и Коломной, Московское княжество граничило с великим княжеством Рязанским. На востоке, за Средней и Верхней Волгой, господствовали татары Казанского царства и вятчане. Собственно Московская область тоже не находилась ещё целиком во власти великого князя — внутри неё было выделено четыре удела для братьев Ивана III и верейский удел для его дяди Михаила.
В этом многоликом окружении и начал свою деятельность молодой Иван. Несмотря на юность, он был уже человеком много повидавшим, со сложившимся характером, готовый к решению трудных государственных вопросов. Он имел крутой нрав и холодное сердце, отличался рассудительностью, властолюбием и умением неуклонно идти к избранной цели. Процесс объединения при нём значительно ускорился. Уже в 1463 году под нажимом из Москвы уступили свою вотчину ярославские князья — все они били Ивану челом о принятии их на московскую службу и отреклись от своей самостоятельности. Вслед за тем Иван начал решительную борьбу с Новгородом. Здесь издавна ненавидели Москву, но самостоятельно вступать в войну новгородцам казалось опасным. Поэтому они прибегли к последнему средству — пригласили на княжение литовского князя Михаила Олельковича. Вместе с тем заключён был и договор с польским королём Казимиром, по которому Новгород поступал под его верховную власть, отступался от Москвы, а Казимир обязывался охранять его от нападений великого князя. Узнав об этом, Иван отправил в Новгород послов с короткими, но твёрдыми речами. Послы напоминали, что Новгород — отчина Ивана и он не требует от него больше того, что требовали его предки. Однако мирные речи не возымели действия — новгородцы выгнали московских послов с бесчестием. Таким образом, надо было начинать войну. 13 июля 1471 года на берегу реки Шелони новгородские полки были наголову разбиты московскими. Иван, прибывший уже после битвы с главным войском, двинулся добивать сам Новгород. Между тем из Литвы не было никакой помощи. Народ в Новгороде заволновался и отправил своего архиепископа просить у великого князя пощады. Как бы снисходя к просьбе о заступничестве за виновных митрополита, братьев и бояр, великий князь объявил новгородцам своё милосердие: «Отдаю нелюбие своё, унимаю меч и грозу в земле новгородской и отпускаю полон без окупа». Заключили договор: Новгород отрёкся от связи с литовским государем, уступил великому князю часть Двинской земли и обязался уплатить «копейное» (контрибуцию). Во всём остальном договор этот был повторением того, какой заключили при Василии Тёмном.
За внешними успехами последовали большие внутренние перемены. В 1467 году великий князь овдовел, а два года спустя начал свататься за племянницу последнего византийского императора, царевну Софью Фоминичну Палеолог. Переговоры тянулись три года. 12 ноября 1472 года невеста наконец приехала в Москву. Свадьба состоялась в тот же день. Этот брак московского государя с греческою царевною стал важным событием русской истории. Вместе с Софьей при московском дворе утвердились многие порядки и обычаи византийского двора. Церемониал стал величественнее и торжественнее. Великий князь вдруг сразу вырос в глазах современников, которые заметили, что Иван после брака с племянницей византийского императора явился вдруг самовластным государем и возвысился до царственной недосягаемой высоты. Именно в то время Иван III стал внушать страх одним своим видом. Женщины, говорят современники, падали в обморок от его гневного взгляда. Придворные, со страхом за свою жизнь, должны были в часы досуга забавлять его, а когда он, сидя в креслах, предавался дремоте, они неподвижно стояли вокруг, не смея кашлянуть или сделать неосторожное движение, чтобы не разбудить его.
В 1474 году Иван выкупил у ростовских князей оставшуюся ещё у них половину их княжества. Однако гораздо более важным событием было окончательное покорение Новгорода. В 1477 году в Москву приехали два чиновника Новгородского веча. В своей челобитной они называли Ивана и его сына государями, тогда как прежде все новгородцы именовали их господами. Великий князь ухватился за это и 24 апреля отправил своих послов спросить: какого государства хочет Великий Новгород? Новгородцы на вече отвечали, что не называли великого князя государем и не посылали к нему послов говорить о каком-то новом государстве, весь Новгород, напротив, хочет, чтобы всё оставалось без перемены, по старине. Иван пришёл к митрополиту с вестью о клятвопреступлении новгородцев: «Я не хотел у них государства, сами присылали, а теперь запираются и на нас ложь положили». То же объявил матери, братьям, боярам, воеводам и по общему благословению и совету вооружился на новгородцев. Московские отряды распущены были по всей Новгородской земле от Заволочья до Наровы и должны были жечь людские поселения и истреблять жителей. Для защиты своей свободы у новгородцев не было ни материальных средств, ни нравственной силы. Они отправили владыку с послами просить у великого князя мира и правды. Условия, на которых тот предложил им мир, означали полный отказ от былой воли. Послам объявили волю Ивана: «Вече и колоколу не быть, посаднику не быть, государство Новгородское держать великому князю точно так же, как он держит государство в Низовой земле, а управлять в Новгороде его наместникам». Новгородцы должны были поневоле согласиться на всё. 15 января 1478 года все горожане были приведены к присяге на полное повиновение великому князю. Вечевой колокол был снят и отправлен в Москву.
В марте 1478 года Иван III возвратился в Москву, благополучно завершив всё дело. Но уже осенью 1479 года ему дали знать, что многие новгородцы пересылаются с Казимиром Польским, зовут его к себе, и король обещает явиться с полками, причём сносится с Ахматом, ханом Большой Орды, и зовёт его на Москву. К заговору оказались причастны братья Ивана. Положение было нешуточным, и, вопреки своему обычаю, Иван стал действовать быстро и решительно. Он утаил своё настоящее намерение и пустил слух, будто идёт на немцев, нападавших тогда на Псков, даже сын его не знал истинной цели похода. Новгородцы между тем, понадеявшись на помощь Казимира, прогнали великокняжеских наместников, возобновили вечевой порядок, избрали посадника и тысяцкого. Великий князь подошёл к городу с Аристотелем Фиораванти, который поставил против Новгорода пушки, и начал обстрел города. Тем временем великокняжеская рать захватила посады, и Новгород очутился в осаде. В городе начался разлад. Многие сообразили, что нет надежды на защиту, и поспешили заранее в стан великого князя. Руководители заговора, будучи не в силах обороняться, послали к Ивану просить «спаса», то есть грамоты на свободный проезд для переговоров. «Я вам спас, — сказал великий князь, — я спас невинным; я государь вам, отворите ворота, войду — никого невинного не оскорблю».
Новгородцы отворили ворота и сдались на полную волю победителя. На этот раз условия мира оказались намного тяжелее: москвичи казнили многих участников мятежа, более тысячи семей купеческих и детей боярских было выслано и поселено в Переславле, Владимире, Юрьеве, Муроме, Ростове, Костроме, Нижнем Новгороде. Через несколько дней после того московское войско погнало более 7 тысяч семей из Новгорода в Московскую землю. Всё недвижимое и движимое имущество переселённых сделалось достоянием великого князя. Немало сосланных умерли по дороге, так как их везли зимой, не дав собраться; оставшихся в живых расселили по разным посадам и городам: новгородским детям боярским давали поместья, а вместо них поселяли в Новгородскую землю москвичей.
Расправившись с Новгородом, Иван поспешил в Москву. Положение его оставалось очень затруднительным — со всех сторон приходили вести, что на Русь двигается хан Большой Орды. Фактически Русь являлась независимой от Орды уже много лет, но формально последнее слово ещё не было сказано. Русь крепла — Орда слабела, но продолжала оставаться грозной силой. В 1480 году хан Ахмат, заслышав о восстании братьев великого князя и согласившись действовать заодно с Казимиром Польским, выступил на московского князя. Получив весть о движении Ахмата, Иван выслал войска на Оку, а сам поехал в Коломну. Но хан, видя, что по Оке расставлены сильные полки, взял направление к западу, к литовской земле, чтоб проникнуть в московские владения через Угру; тогда Иван велел сыну Ивану и брату Андрею Меньшему спешить туда; князья исполнили приказ, пришли к Угре прежде татар, отняли броды и перевозы. Ахмат, не пускаемый за Угру, всё лето хвалился: «Даст Бог зиму на вас: когда все реки станут, то много дорог будет на Русь». Он стоял на Угре до 11 ноября, как видно дожидаясь обещанной литовской помощи. Но тут начались лютые морозы, так что нельзя было стерпеть; татары были наги, босы, ободрались за лето. Литовцы так и не пришли, отвлечённые нападением крымцев, и Ахмат не решился преследовать русских дальше на север. Он повернул назад и ушёл обратно в степи.
Современники и потомки восприняли «стояние на Угре» как зримый конец ордынского ига. Затем наступила очередь давнего соперника Москвы — Твери. В 1484 году в Москве узнали, что князь Тверской Михаил Борисович начал держать дружбу с Казимиром Литовским и женился на внучке последнего. Иван III объявил Михаилу войну. Москвичи захватили Тверскую волость, взяли и сожгли города. Литовская помощь не являлась, и Михаил принуждён был просить мира. Иван дал мир, по которому тверской князь обещал не иметь никаких отношений с Казимиром и Ордою. Но в 1485 году был перехвачен гонец Михаила в Литву. На этот раз расправа была скорее и жёстче. 8 сентября московское войско обступило Тверь, 10-го были зажжены посады, а 11-го тверские бояре, бросив своего князя, приехали в лагерь к Ивану и били ему челом на службу. Михаил Борисович, осознавая своё бессилие, ночью убежал в Литву. Тверь присягнула Ивану, который посадил в ней своего сына. Вслед за тем в 1489 году была окончательно присоединена Вятка.
Одновременно началось присоединение южных и западных волостей на границе с Литвою. Под власть Москвы здесь то и дело переходили мелкие православные князья со своими вотчинами. Первыми передались князья Одоевские, затем — Воротынские и Белёвские. Эти мелкие владетели постоянно вступали в ссоры со своими литовскими соседями — фактически на южных границах не прекращалась война, но и в Москве и в Вильно долгое время сохраняли видимость мира. В 1492 году умер Казимир Литовский, стол перешёл его сыну Александру. Иван вместе с крымским ханом Менгли-Гиреем немедленно начал против него войну. С самого начала дела пошли счастливо для Москвы. Воеводы взяли Мещовск, Серпейск, Вязьму; вяземские, мезецкие, новосильские князья и другие литовские владельцы волей-неволей переходили в службу московского государя. В конце концов Александр должен был признать все эти переходы. В 1503 году между Литвой и Россией заключено было перемирие, по которому Иван удержал за собой все завоёванные земли. Вскоре после этого он умер.