В 170 году до Р.Х. Птолемей Фискон был впервые призван на египетский престол александрийцами, прогнавшими его старшего брата Птолемея Филометра, а в следующем году он был осаждён в Александрии сирийским царём Антиохом IV, который объявил, что намерен защищать интересы старшего брата. Хотя сирийцам и не удалось тогда овладеть городом, Фиском, стеснённый со всех сторон, принял мирные предложения Филометра. Братья договорились отныне править сообща. Но едва ли можно было всерьёз рассчитывать на длительный мир между ними. В 163 году до Р.Х. Фискон поднялся на старшего брата и изгнал его из страны. Римлянам опять пришлось вмешаться в смуту. Под их руководством царство было разделено между братьями. Филометру достались собственно Египет и Кипр, а Фискону отошла Кирена.
В 162 году до Р.Х. Фискон приплыл в Рим и стал хлопотать о том, чтобы произведённый между ним и братом раздел был отменён; при этом он уверял, что согласился на предъявленные к нему требования не по доброй воле, но по необходимости. Он просил сенат отделить Кипр ему, ибо в противном случае его доля окажется гораздо меньше доли брата. Филометр тоже прислал в Рим послов, которые показали, что только благодаря вмешательству старшего брата младший Птолемей смог получить Кирену. Не будь этого, он бы вообще остался без надела, так неприязненно и зло был настроен против него народ. Сенат всё же принял сторону Фискона и отправил в Египет новое посольство для более справедливого раздела страны. При этом сенаторы, конечно, исходили из собственных интересов. Понимая огромную силу Египта, римляне боялись, как бы он, получив искусного правителя, не предъявил неумеренных притязаний. Вместе с римскими послами Фискон приплыл в Апис. Послы отправились в Александрию, но здесь, после многих разговоров со старшим Птолемеем, стали всё более склоняться на его сторону. Тем временем к младшему Птолемею пришла весть о возмущении киренцев. Он оставил в стороне все прочие заботы и поспешно отправился к Кирене. Горожане в количестве 8 тысяч ожидали его в поле. Узнав о приближении царя, они тотчас выступили против него, и в конце концов Птолемей был побеждён. Тем не менее киренцам всё же пришлось принять к себе Фискона, а в 155 году до Р.Х. в римском сенате он отсудил в свою пользу также и Кипр.
В 145 году до Р.Х. Филометр погиб в Сирии. Тогда послы явились к Фискону в Кирену и предложили царскую власть, а в жёны — его сестру царицу Клеопатру II, вдову его брата. Сама царица хотела возвести на престол своего сына Птолемея Неоса. Фискон знал, что того же желают многие влиятельные люди в государстве. Будучи поэтому враждебно настроен против всех, Птолемей, как только прибыл в Александрию, приказал умертвить сторонников мальчика. Его самого царь убил прямо в объятиях матери в день свадьбы, когда вступил с ней в брак. После чего, по словам Юстина, он взошёл на ложе своей сестры, обагрённый кровью её сына. Сразу вслед за тем царь развернул жестокий террор против александрийцев. Иноземным солдатам было дано разрешение на убийство, и ежедневно всё утопало в крови. Перепуганное насмерть население стало разбегаться во все стороны из страха смерти, покидать родину, превращаться в изгнанников. Таким образом, Птолемей остался в огромном городе один со своими приближёнными и когда увидел, что царствует не над людьми, а над пустыми зданиями, особым эдиктом призвал иностранцев. Юстин пишет, что лицом этот царь был безобразен, низок ростом; ожиревший живот делал его похожим не на человека, а на животное. Гнусность его вида увеличивала чрезмерно тонкая и прозрачная ткань его одежды, как будто он задался целью искусно выставить напоказ то, что скромный человек стремится обычно тщательно прикрыть. Прибывшие отовсюду иноземцы вскоре возненавидели Фискона не меньше, чем сами египтяне.
Со своей сестрой и женой Клеопатрой Птолемей находился в постоянном разладе. В 142 году до Р.Х. он изнасиловал и взял в жёны её дочь (свою племянницу) Клеопатру III, а её мать прогнал вон. Клеопатра II стала плести против бывшего мужа интриги. В 132 году до Р.Х. она подняла против него восстание в Александрии. Птолемей бежал на Кипр, захватив с собой сына, которого он имел от сестры. Набрав наёмное войско, он вскоре начал против Клеопатры войну. Но прежде он вызвал из Кирены своего собственного сына и убил его, чтобы жители Александрии не провозгласили этого сына царём в противовес ему. После этого народ ниспроверг статуи Птолемея и уничтожил его изображения. Птолемей убил и того сына, которого имел от сестры, а труп убитого приказал рассечь на куски, сложить в ящик и поднести матери во время пира в день её рождения.
В 129 году до Р.Х. Клеопатра II, нагрузив корабль египетскими богатствами, бежала в Сирию и стала побуждать тамошнего царя Деметрия II начать с Птолемеем войну. Узнав об этом, Птолемей отправил в Сирию большое войско во главе с Александром Забиной. Тот захватил страну, убил Деметрия и сделался царём. Но, получив всё благодаря Птолемею, Александр стал пренебрежительно относиться к нему. В 123 году до Р.Х. Птолемей поддержал притязания деметриевого сына Антиоха VIII, послал ему на помощь новое войско и посадил его на царство. Одолев всех своих врагов, Птолемей Фискон в последующие годы правил спокойно и умер глубоким стариком в 116 году до Р.Х. Своё царство он завещал жене Клеопатре III.