Жизнь Стефана Яворского пришлась на тот период истории, когда Украина, разоренная десятилетиями войн и смут, оказалась расколотой на западную часть, оставшуюся под властью католической Польши, и восточную, сохранявшую автономию под протекторатом России.

В XVII веке усиливался национально-религиозный гнет в западных землях Украины, и сохранявшие верность православию люди, не желавшие переходить в католицизм или принимать унию, переезжали в приднепровские области. К их числу принадлежала и семья галицких шляхтичей Яворских, в которой в 1658 году родился будущий выдающийся религиозноцерковный деятель Стефан Яворский.

Мальчик получил хорошее образование в Киево-Могилянской коллегии. Среди его учителей и покровителей были выдающиеся киевские богословы и церковные писатели того времени Иосафат Кроковский и Варлаам Ясинский. Был он близко знаком и с уже немолодыми Иннокентием Гизелем и Лазарем Барановичем, а также неутомимым тружеником и аскетом, близким ему по возрасту и интересам Димитрием Туптало и многими другими людьми, составлявшими цвет тогдашней киевской учености.

Для завершения образования С. Яворский около 1680 года отправился в Польшу, где, по прагматическим соображениям формально приняв унию, слушал лекции в католических коллегиумах и академиях Львова, Люблина, Познани и Вильно. Получив звание магистра философии и свободных искусств, он в 1687 году возвращается в Киев. Здесь он публично отрекается от унии и принимает монашество. С 1689 года С. Яворский преподавал в Киево-Могилянской коллегии риторику, поэтику, философию, а потом и богословие. Впоследствии он стал ректором этого авторитетного учебного заведения.

Философский курс, прочитанный Яворским в 1691–1693 годах, включал такие нормативные разделы как диалектика, логика, физика (натурфилософия) и метафизика (философские основания картины мира). В 1690-х годах Стефан сближается с образованным, проникнутым духом культуры барокко гетманом И. Мазепой, пользуясь его всемерной поддержкой.

Глубокое знание западных явлений и форм культуры, при бесспорной преданности православию, способствовало его известности в России. Произнесенная им речь над гробом боярина Шейна восхитила Петра I, уже не выпускавшего Яворского из поля зрения.

По распоряжению царя С. Яворский был возведен в высокий сан митрополита Рязанского и Муромского, а после смерти в 1700 году стоявшего на принципиально консервативных позициях патриарха Адриана назначен местоблюстителем патриаршего престола. Вскоре митрополитом Ростовским и Ярославским стал образованный и близкий С. Яворскому по духу киевлянин Димитрий Туптало. В их церковной и культурно-просветительской деятельности было много общего, что обусловлено как причастностью их к одной духовной традиции, так и постоянными личными контактами и согласованностью действий.

На посту местоблюстителя патриаршего престола С. Яворский всячески поддерживал и благословлял политику Петра в деле распространения просвещения и европейской образованности. При его содействии в Москве был основан первый театр.

Проповеди С. Яворского отличались содержательной глубиной, производя сильное впечатление на современников. Новый стиль русской церковной проповеди, сформировавшийся в петровские времена, во многом обязан влиянию С. Яворского и других воспитанников киевской богословской философско-риторической школы.

Но еще больше он делает для перенесения на московскую почву киевской системы религиозного философско-литературного образования, сопряженного со знанием древних и новых языков. Став протектором московской Славяно-греко-латинской академии, С. Яворский приглашает в Москву хорошо знакомых ему киевских профессоров, в том числе и Феофилакта Лопатинского, начавшего читать курс философии в Первопрестольной в 1704 году.

Поддерживая петровские реформы в области светской политики и образования, Стефан Яворский все более расходился с царем в вопросах, касающихся жизни и места в государстве православной церкви. Он не скрывал своей убежденности в необходимости избрания патриарха Московского и всея Руси. При этом С. Яворский ориентировался на идеал церкви как самостоятельного во внутренних организационных и духовных вопросах учреждения с собственными, независимыми от государства средствами.

Яворского упрекали в ориентации на католическую модель церковной организации, хотя он не претендовал на примат церкви над государством, стремясь к их симфонии по византийскому образцу. Петру, однако, ближе была система отношений государства и церкви, сложившаяся в протестантских государствах Северной Европы, когда церковные институты организационно оказывались под полным государственным контролем, сохраняя свободу лишь в богословских вопросах. Такой вариант поддерживал другой киевский философ и богослов, давний соперник С. Яворского Феофан Прокопович, пользовавшийся полным доверием Петра и способствовавший охлаждению царя к местоблюстителю патриаршего престола.

Ощущая перемену отношения к себе со стороны российского самодержца, С. Яворский, по своей природе человек менее честолюбивый и властолюбивый, нежели Ф. Прокопович, неоднократно просил об отставке, но не получал на это согласия Петра. Авторитет С. Яворского как главы церкви должен был санкционировать проводившиеся преобразования и реформы. Конфликт между ними разгорелся, когда С. Яворский пытался защитить от отцовского гнева обманным путем доставленного в Россию царевича Алексея. Царь был настолько возмущен этим заступничеством, что вопреки всем правилам и обычаям запретил первому на тот момент лицу Русской православной церкви выступать с проповедями, опасаясь публичного осуждения своего варварского поступка — казни сына.

Но и тогда Петр не позволил С. Яворскому отойти от политической жизни, хотя местоблюститель патриаршего престола не скрывал своего отрицательного отношения к ряду царских распоряжений, грубо попиравших православную традицию. Так, он был против учреждения в 1721 году всецело подчиненного государю Св. Синода, однако вынужден был стать его председателем (президентом) и возглавлял его до самой смерти, последовавшей через год.

Стефан Яворский оставил огромное литературное наследие: проповеди, стихи (в том числе на польском и латинском языках), а также фундаментальные богословские и полемические трактаты, наиболее значительным из которых является «Камень веры», завершенный в 1718 году. В этом произведении Яворский пытается противостоять усилению протестантского влияния в православии, поддерживаемого в начале XVIII века Ф. Прокоповичем и самим Петром I.

Стефан Яворский — не только высокообразованная и чрезвычайно талантливая, но и трагическая фигура петровского времени. Искренне приняв и поддержав реформаторские начинания молодого царя, для содействия ему переехав из Киева в далекую, холодную Москву, потратив немало сил для реализации новшеств, в преклонном возрасте он осознал невозможность идти на дальнейшие компромиссы с собственными нравственно-духовными ценностями и вкусами ради царской воли.

Но вместе с тем, местоблюститель патриаршего престола не нашел в себе достаточно сил, чтобы в противлении царскому своеволию в церковных делах дойти до открытого неповиновения российскому самодержцу. В последние годы жизни он стремился к книжному уединению, однако ему не суждено было обрести покой. В 1722 году глава церковной иерархии скончался, мучимый душевными противоречиями. Но вклад его в развитие российской образованности дал обильные плоды.