Чем ближе русские войска приближались к Москве, тем все более в армии и обществе звучали голоса, требующие смены командующего. Все чаще говорили об умышленном отступлении и об «измене» Барклая. В эти дни чрезвычайный комитет решил вопрос о назначении общего главнокомандующего для вооруженных сил России Им стал М.И Кутузов. Барклай с обычной стойкостью вынес это, когда же 17 августа Кутузов прибыл в армию, он доложил новому главнокомандующему, что стотысячная армия рвется в бой, который он сам был готов дать на позиции у Царева-Займища. Однако Кутузов, не высказав вслух ни порицания, ни одобрения действий Барклая, все же решил отступать далее на восток. Он считал, что поскольку ключ от Москвы (Смоленск) взят, то теперь местом предстоящего сражения будет сама Москва. Новый главнокомандующий и ранее находился в неприязненных отношениях с Барклаем, а теперь эти отношения еще более ухудшились 24 августа Александр I подписал указ об отставке Барклая с поста Военного министра Все это привело к тому, что накануне Бородинского сражения Барклай стал мечтать о смерти на поле боя. К 24 августа русские войска, преследуемые французским авангардом, подошли к селу Бородино. Здесь, у Москвы-реки и Новой Смоленской дороги, расположились войска Барклая, занявшие позиции на правом фланге русской армии. В центре поля укреплялась Курганная высота, впоследствии получившая название «батареи Раевского». На левом фланге стояли войска под командованием князя Багратиона.

Бородинское сражение началось утром 26 августа. Правый фланг русских войск был атакован солдатами Евгения Богарнэ. Навстречу им Барклай послал новые полки Но и французы при поддержке резервов усилили свой натиск. В течение часового боя село Бородино было захвачено, и на его высотах французы установили свои артиллерийские батареи. Моряки гвардейского экипажа зажгли мост через реку Колочу, и далее на этом направлении французы продвинуться не смогли.

В ходе сражения на левый фланг по приказу Кутузова из 1-й армии были переброшены 2-й пехотный корпус и некоторые гвардейские полки. Это распоряжение было сделано в обход Барклая. Узнав о нем, командующий 1-й армией выехал в ставку и протестовал против изъятия из его войск резервов, которые он предполагал не трогать раньше вечера. Но, убедившись в тяжелейшем положении на левом фланге, Михаил Богданович сам распорядился о переброске к Багратиону 4-го пехотного корпус'а и нескольких других полков.

К середине дня центр боевых действий переместился к Курганной высоте, для защиты которой Барклай собрал все свои силы.

Против «батареи Раевского» было сосредоточено около 300 орудий. К 3 часам дня Курганная высота, покрытая трупами павших солдат, была взята. На помощь русской пехоте Барклай перебросил кавалерийские корпуса Корфа и Крейца и сам повел кавалеристов в атаку. В этой схватке под ним было убито пять лошадей. Погибли два и было ранено пять адъютантов Барклая. Он дважды едва не попал в плен, будучи окружен польскими уланами. К концу боя его мундир был обрызган русской и французской кровью. В конце сражения Барклай приехал в Горки и здесь получил приказ Кутузова восстановить русские боевые порядки. По всей линии было зажжено множество костров, по которым солдаты могли ориентироваться.

Неожиданно ночью Барклай получил приказ Кутузова об отступлении и пришел в ярость, не понимая, как можно оставить позиции, с которых противник был отражен.

Значение Бородинского сражения в судьбе Барклая огромно — впервые после долгого молчания русские войска приветствовали его появление громовым «ура!», что означало фактическую реабилитацию его личности в армейской среде Он стал единственным генералом, награжденным орденом Св. Георгия 2-й степени за Бородинское сражение.

Приехав в Москву 1 сентября, Барклай осмотрел позицию, выбранную Беннигсеном, и признал ее непригодной для сражения, о чем доложил Кутузову. Во второй половине дня в деревне Фили состоялся военный совет, на котором было принято решение об оставлении столицы без боя.

Вместе с войском Москву покидало и население. Барклай принял активное участие в организации прохода русской армии через Москву, и благодаря этому все прошло в необыкновенном порядке

Вместе с армией Барклай перешел на старую Калужскую дорогу и нагнал Кутузова у деревни Панки. В эти же дни Барклай узнал, что в очередной раз без его ведома в арьергард Милорадовича было передано около 30 тысяч человек из 1-й армии. Все это крайне обострило отношения Барклая и Кутузова и подвигнуло командующего 1-й армией написать прошение об отставке по состоянию здоровья. Прошение было подано Кутузову 21 сентября после прихода русской армии в Тарутино, и уже на следующий день Барклай отбыл из армии.

До начала ноября Барклай жил во Владимире, тщетно ожидая ответа на свое письмо императору. Наконец, он решил уехать в свое имение Бек-гоф, где в конце ноября получил долгожданный ответ Александра I. Император писал, что он по-прежнему питает к Барклаю приязнь и уважение. Александр I обещал, что лично проследит за тем, чтобы были опубликованы выборки из оправдательных писем Барклая. Император выражал уверенности, что Барклай в будущем сможет оказать Отечеству еще более выдающиеся услуги.

12 декабря, в день рождения императора, Барклай получил письмо Александра I, в котором тот убеждал его вернуться в армию. А уже 31 января 1813 года он получил извещение от Кутузова, что император назначил генерала от инфантерии Барклая-де-Толли командующим 3-й армией вместо заболевшего адмирала П.В. Чичагова. Новая армия Барклая была самой малочисленной из всех армий — в ней было не более 18 тысяч человек.

В то время армия осаждала крепость Торн, которую защищал баварский гарнизон (3,5 тысячи) во главе с французским генералом Мавилоном. Против крепости были сосредоточены главные силы 3-й армии — 13 тысяч человек. Однако этих сил не хватало для полной блокады крепости, к тому же в осадном корпусе отсутствовали крупнокалиберные орудия. И только после того, как все необходимое в армию поступило, начались интенсивные бомбардировки крепости, сочетавшиеся с атаками господствующих высот. 6 апреля 1813 года крепость капитулировала. Входе осады русские войска потеряли 28 человек убитыми и 167 ранеными За взятие Торна Барклай был награжден алмазными знаками к ордену Св. Александра Невского и 50 тысячами рублей.

Вскоре армия Барклая присоединилась к главным силам, которые после смерти Кутузова возглавил генерал Витгенштейн В сражении под Бау-ценом, которое было в целом неудачным для союзных войск, войскам Барклая сопутствовал успех, и теперь они служили арьергардом, прикрывшим общее отступление. В ходе отступления, благодаря образцовым действиям арьергарда, союзники не потеряли ни одного орудия и повозки.

17 мая Михаил Богданович сменил Витгенштейна на посту главнокомандующего русско-прусской армии. Сражение под Дрезденом не принесло объединенной армии союзников успеха — здесь войска возглавлял австрийский фельдмаршал Шварценберг. Барклай-де-Толли отступил с главными силами армии к Кульму и разгромил наседавший на него корпус Вандам-ма. Входе боя корпус Вандамма (12тысяч) был пленен вместе с 84орудиями и всем обозом. Инициатива Кульмского сражения целиком исходила от Барклая-де-Толли, который за эту победу был удостоен ордена Св. Георгия 1-й степени и высшим орденом Австрийской империи — командорским крестом Марии-Терезии.

В середине сентября все армии союзников устремились к Лейпцигу, куда стали подходить и главные силы армии Наполеона. В лейпцигской «битве народов» войска Барклая стояли на правом фланге, построившись в три линии. Они должны были нанести удар по главным силам наполеоновских войск, стоявшим у деревни Вахау, и отбросить их к Лейпцигу. За умелые и решительные действия во время сражения Михаил Богданович получил высокие награды — орден Св. Георгия 1 -й степени и титул графа. В боевой обстановке его отличало необычное хладнокровие, о котором солдаты говорили: «Глядя на Барклая, и страх не берет».

В 1814 году Барклай-де-Толли руководил русскими войсками в сражениях на территории Франции и в Париж он въезжал рядом с императором Александром I. В тот же день графу Михаилу Богдановичу Барклаю-де-Толли было присвоено звание генерал-фельдмаршала.

Летом 1814 года он снова вернулся на пост главнокомандующего 1-й армией, штаб которой находился в Варшаве. В феврале 1815 года он получил известие о бегстве Наполеона с острова Эльба и о высадке его на французском берегу, и в апреле его армия (225 тысяч человек) выступила в новый поход на Францию. Его войска прошли Галицию, Богемию и Германию, когда уже на марше было получено известие о победе англо-прусских войск при Ватерлоо и о вторичном отречении Наполеона. В июне Барклай-де-Толли второй раз вошел в Париж. После военного смотра при Вертю, где русские войска поразили всех своей выправкой и слаженностью, весьма довольный этим Александр I возвел фельдмаршала Барклая-де-Толли в княжеское достоинство, даровав ему девиз: «Верность и терпение». В этих словах лаконично отразились главные черты личности Барклая.

В октябре 1815 года он вместе с императором покинул Францию и вернулся в Варшаву. В начале 1817 года Барклай приехал в Петербург и попросил Александра I или разрешить ему выйти в отставку по состоянию здоровья, или предоставить длительный отпуск для лечения болезни — артрита. Император разрешил фельдмаршалу отпуск на два года и пожаловал ему 100 тысяч рублей для лечения на водах Чехии.

После непродолжительного отдыха в недавно купленном имении в Стол-бене (в 60 верстах от Риги) он выехал за границу вместе с семьей. Но с каждым днем фельдмаршалу становилось все хуже, боли в груди усиливались. Это вынуждало его делать остановки в Риге, Мемеле и Тильзите. 13 мая 1818 года на подъезде к Инстербургу (ныне Черняховск) личный врач князя настоял на необходимости остановки на мызе Штилитцен.

В тот же день Михаил Богданович Барклай-де-Толли скончался.

Первым о кончине фельдмаршала узнал прусский король Фридрих Вильгельм III. Он немедленно распорядился выслать в Штилитцен почетный караул, в сопровождении которого гроб с телом князя был сопровожден до русской границы.

Александр I, узнав о кончине Барклая, немедленно выразил его жене свои соболезнования: «Государство, — писал император, — потеряло в его лице одного из самых ревностных слуг, армия — командира, который постоянно показывал пример высочайшей доблести, а я — товарища по оружию, чья верность и преданность всегда были мне дороги».

Барклай-де-Толли был похоронен в родовом имении в Лифляндии. В 1823 году его могилу украсил великолепный мавзолей.

В 1859 году фамилия и титул князей Барклай-де-Толли были переданы их родственникам — дворянам Веймарн. А 2 ноября 1872 года потомству генерал-адъютанта князя Александра Барклай-де-Толли-Веймарн было даровано право именоваться князьями и княжнами. Последним представителем этого славного рода был князь Николай (1892—1964) — ротмистр лейб-гвардии Гусарского полка.