Музей этнографии почти 125 лет находился в составе Кунсткамеры то на правах отдела, то на правах кабинета. Но в 1836 году он оформился в специальный музей и остался в том же здании, в то время как музеи биологического профиля (тоже выросшие в недрах Кунсткамеры) переехали в другие помещения.

То, что Кунсткамеру к началу XIX века надо было разделить на отдельные музеи, осознавалось и раньше, но осуществить это мешали разные обстоятельства, в частности, война 1812 года. Тогда наиболее ценные коллекции были эвакуированы водным путем в Петрозаводск, и вернулись они только после войны.

С 1836 года в Кунсткамере находились два академических музея — Этнографический и Анатомический, которые получили самостоятельные бюджеты и штаты сотрудников. В одно общее учреждение они объединились только в 1879 году, но единого Музея не существовало еще 10 лет. По той простой причине, что у них не было общего помещения. Антропологические коллекции кое-как были размещены в здании Кунсткамеры, в непосредственной близости от Зоологического музея. Только благодаря этому обстоятельству (соседству с Зоологическим музеем) Антропологический кабинет вместе с ним был открыт для публики.

А между тем большая часть коллекции Анатомического музея, самая ценная в научном отношении, оставалась совершенно недоступной ни для обозрения, ни для научных исследований. «Это была лишь кладовая, в которой редкостные коллекции, по невозможности их расстановки, отчасти даже хранились в закрытых ящиках».

Только в 1887 году Музею было отведено помещение в верхнем этаже нового флигеля в Таможенном переулке. С того времени и утвердилось его нынешнее название — Музей антропологии и этнографии.

В январе 1892 года состоялось специальное Высочайшее повеление об ассигновании Музею ежегодного пособия в размере четырехсот рублей для охраны коллекций. А до этого весь годовой бюджет музея составлял 1500 рублей. Из них 750 рублей шло на содержание хранителя Музея, а другие 750 рублей — на пополнение музейных коллекций. Уже в сентябре 1889 года все коллекции были окончательно расставлены в новом помещении, и Музей был готов к торжественному открытию. Но у Академии не нашлось денег, чтобы нанять служителей для охраны коллекций в дни посещений. Так и пришлось отложить открытие на целых два года.

Как только в Петербурге была учреждена Кунсткамера, в нее стали поступать археологические и этнографические коллекции. Большая этнографическая коллекция поступила в 1725 году от Д. Мессершмидта, который еще при жизни Петра I был послан в многолетнюю экспедицию в Сибирь. Вскоре сюда поступило и «прелюбопытное собрание идолов» из Средней Азии. Однако основные собрания стали поступать после того, как Музей перешел в состав Российской академии наук, и начались комплексные экспедиции. Был даже издан специальный правительственный указ, коим поручалось различным губернским канцеляриям разыскивать по специальному списку предметы для Музея.

Посылались экспедиции и в другие страны, например, Ф. Елачич был послан в Китай с подробной инструкцией «в искании вещей». Во время долгого путешествия по Сибири ему было велено обращать особенное внимание на «женское целое платье сибирских народов, со всеми к нему уборами», а также на имеющихся идолов, домовую сбрую и прочие вещи. И средства для этого были выделены немалые, в частности, своего рода обменный фонд из различных вещей, «кои в Китае куриозными почитаются».

Еще в 1779 году ценнейшая этнографическая коллекция с Сандвичевых (Гавайских) островов была передана сначала в Кунсткамеру, а оттуда перешла в Музей антропологии и этнографии. В этом году погиб английский путешественник Джеймс Кук, а два корабля из его экспедиции — «Резолюция» и «Открытие» — с большим трудом добрались до камчатской крепости Петропавловск. Комендант Камчатки М. К. Бем принял несчастных английских путешественников, и благодарные моряки преподнесли русским целую коллекцию, привезенную с Гавайских островов. В нее входят различные предметы быта, изготовленные из перьев: опахала, головные уборы воинов, принадлежности мужского костюма и прочие вещи.

Особый интерес вызывают предметы, собранные и доставленные великим русским путешественником Н. Миклухо-Маклаем, прожившим среди папуасов несколько лет. Эта одежда, в виде мантии и шлема, искусно сделанная из мелких красных и желтых перьев, до сего времени изумляет многочисленных посетителей Музея. Как она выглядела, можно судить по манекену, облаченному в шлем и мантию гавайского короля XIX века Камеамеа Первого.

Ценным приобретением для Музея стала коллекция, собранная почти в течение десятилетнего пребывания экспедиции И. Вознесенского в Русской Америке. Он застал еще самобытную культуру калифорнийских индейцев, а у атапасков ему удалось собрать замечательную одежду из замши, сшитую и вышитую иглами дикобраза. И это было особенно своевременно, потому что вскоре эта одежда вообще исчезла из быта индейцев.

Коллекции из предметов быта североамериканских индейцев пользуются всемирной известностью, и среди них несколько индейских «трубок мира». Такие трубки хранятся и в крупнейших зарубежных музеях, но они были захвачены в эпоху колониальной экспансии, а экспонаты Этнографического музея получены в дар от индейских вождей в знак уважения к великой России и русским людям. А такие дары многого стоят!

В обширную эскимосскую коллекцию Музея входят орудия морской охоты на тюленя и моржа: гарпуны — довольно сложной конструкции, метательные дощечки, стрелы с наконечниками самых разнообразных форм. Особенно богато представлена одежда — промысловая, повседневная и праздничная. Она сделана из самых различных материалов: из оленьих шкур, из цельных рыбьих шкурок, из рыбьей кожи и даже из кишок морских животных.

Интерес для посетителей представляют эскимосские каменные лампы, в которых горел тюлений жир. Такие лампы не только освещали жилище в длинную полярную ночь, но еще и обогревали помещение, а также использовались для приготовления пищи.

Очень интересны предметы из экспозиции, посвященной культуре народов Африки: рисунки на камне с изображением страуса и антилопы, высокохудожественное литье из древнего африканского государства Бенин, образцы одежды, украшений и предметов быта…

Африканские коллекции начали поступать с середины XIX века, и сейчас в них входит более 11 тысяч экспонатов. Русский исследователь Африки В. В. Юнкер в 1875–1878 годах собрал особенно ценную коллекцию предметов быта различных племен Центральной Африки (область водораздела Конго и Нила), тогда еще почти не исследованной. Эти коллекции всесторонне отражают материальную культуру народов азанде, мангбетиту, калика и других племен. Среди предметов собрания находятся уникальные стрелы и лук карликового племени акка, а также деревянные фигурки предков племени бари. Пять этих фигурок — одно из самых больших собраний в мире.

Очень интересны коллекции материальной культуры Западной Африки. Кроме привычных уже предметов быта, в них богато представлены предметы культа и искусства из Судана и Камеруна. Это главным образом костюмы членов тайных союзов и культовые обрядовые предметы. Входят в африканские собрания и маски-наголовники народов баньянг, кеака, экой, обанг и других.

Богатством экспонатов отмечена китайская коллекция: фарфоровые вазы, лаковые изделия, перегородчатая эмаль, гражданская одежда народов из различных провинций Китая.

Сегодня Музей антропологии и этнографии является одним из старейших и крупнейших музеев в мире, его коллекции насчитывают 600 000 предметов культуры и быта народов Земли.