 В 1864 году началось решительное продвижение царской России в Среднюю Азию. В сентябре царские войска заняли Чимкент и двинулись к Ташкенту — крупному торгово-экономическому центру Кокандского ханства. В городе было многочисленное население и стоял сильный гарнизон, поэтому русским войскам тогда не удалось взять Ташкент, но уже весной следующего года город перешел под власть русского царя.
Завоевания царской России в Средней Азии не могли не привести к столкновению ее с Бухарским эмиратом. Эмир Музаффар в то время вел борьбу с Кокандским ханством, его войска заняли Ходжент и успешно продвигались в глубь Коканда. Поэтому занятие Ташкента русскими войсками вызвало сильное неудовольствие эмира Бухары, который сам хотел захватить этот важнейший центр Средней Азии. Эмир отправил к генералу Черняеву, командовавшему русскими войсками, своих приближенных с требованием очистить Ташкент и отойти к Чимкенту.
Одновременно бухарское посольство было направлено и в Санкт-Петербург, чтобы выяснить цели русских завоеваний в Кокандском ханстве. Бухарский эмир готовился оказать русским серьезное сопротивление, но в октябре 1866 года его войска были разбиты под Джизаком, а сам он с верными приближенными бежал. Вскоре ему были предъявлены предварительные условия мира, которые предусматривали признание Бухарой всех территориальных завоеваний России в Средней Азии.
В сентябре 1873 года по новому договору Бухарский эмират признавался протекторатом России, и ему запрещалось проводить самостоятельные внешние сношения с иностранными государствами. Одновременно Россия обязывалась сохранять территориальную целостность эмирата и помогать эмиру в борьбе с внутренними врагами и защищать его от внешней угрозы. С переходом Бухарского эмирата под протекторат России в нем появились и первые награды.
В 1881 году эмир Музафар-ад-Дин учредил орден Благородной Бухары, который имел только звезду, а орденского знака у него не было. В литературе орден Благородной Бухары чаще всего и упоминается как «звезда» (иногда даже как «орден Восходящей звезды Бухары»), так как основой этой и последующих бухарских наград часто становились русские или персидские звезды. Из них извлекали центральный медальон, а вместо него приваривали кружок, покрытый эмалью (чаще всего синей и зеленой) с надписью арабской вязью («Награда столицы Благородной Бухары») и датой начала правления эмира. Новую награду сразу же верноподданно послали в Россию «белому царю». <В ответ эмиру был пожалован орден Святой Анны I степени.>
В 1882 году орден Благородной Бухары имели уже некоторые офицеры бухарской армии, но широко жаловать награду русским эмир воздерживался, опасаясь неудовольствия своего духовенства. Однако при эмире Абдалахаде, который вступил на трон в 1885 году, орден сделался уже главным подношением представителям русской администрации. Принимать награду русским подданным разрешалось, но ношение ее до 1893 года было запрещено, кроме тех случаев, когда награжденному предстояла встреча с самим эмиром или его представителем.
В России орден Благородной Бухары получил известность только с 1893 года, когда бухарский эмир совершил почти трехмесячное путешествие в Санкт-Петербург и обратно. Эмир Абдалахад понимал, что ему, как великому правителю, следует награждать хозяев, и потому повелел изготовить достаточный запас орденских звезд. Он раздал более 150 орденов самым различным лицам — от членов императорской фамилии до корреспондентов газет и журналов. В Москве награду получили даже устроители персональной бани для эмира.
Орден Благородной Бухары имел 8 степеней: три — золотых, три — серебряных и два наивысших класса — золотая звезда с бриллиантами и золотая звезда с алмазами. Орденские звезды каждой степени различались размером центрального медальона и орнаментом, который в нем размещался. Иногда была позолочена только середина медальона, а лучи звезды были серебряными. Форма орденских знаков (по крайней мере, первых шести степеней) была позаимствована у звезды ордена Святого Станислава (или Святой Анны). Именно поэтому знак ордена Благородной Бухары не имел ленты, ведь русские носили свои звезды на груди, а не на ленте. И хотя эмир Абдалахад, как указывалось выше, роздал более 150 орденов, это все же не так много, если бы этим все и ограничилось, орден Благородной Бухары был бы весьма редким. Вернувшись домой, эмир все чаще стал награждать им своих подданных: к началу Октябрьской революции в Бухаре, наверное, не оставалось уже ни одного бая, чиновника или офицера, на халате которых не блестел бы орден Благородной Бухары. Кроме того, орден стали широко раздавать и русским: его мог получить любой офицер или чиновник, побывавший в Бухаре, а таких было немало.
Орден Благородной Бухары получали и купцы, торговавшие с Бухарой, для чего достаточно было поднести скромное подношение соответствующему бухарскому чиновнику. В Санкт-Петербурге и Москве эмир Абдалахад, насмотревшись на российские ордена, научился лучше разбираться в них, к тому же сам он получил бриллиантовые знаки ордена Александра Невского. Поэтому второй бухарский орден, более высокий по значимости (орден Короны государства Бухары), был учрежден уже по всем правилам — с орденской звездой, знаком и красной лентой, повторяющей цвет ленты ордена Александра Невского.
Знаком ордена Короны государства Бухары являлся золотой прорезной ромб с круглой голубой серединой; из нее к углам ромба тянулись лучи креста, унизанные алмазами, а между лучами помещались рубиновые треугольники. Золотая орденская звезда была ромбовидной, лучистой, с четырьмя крупными алмазами. Орден Короны государства Бухары, хоть и превосходил своего предшественника рангом, однако просуществовал недолго.
В 1898 году в Бухарском эмирате была учреждена самая высокая награда — Искандер Салис (Солнце Александра), установленная в память о русском императоре Александре III. Эта награда предназначалась исключительно для награждения наиболее высокопоставленных русских. Знаки ордена Солнце Александра науке долгое время не были известны, но по предположению И. Спасского, который опирается в своих исследованиях на фотографию эмира, орденскую звезду носили на правой стороне груди. И. Можейко в своей книге приводит уже более подробные сведения.
Орден Солнце Александра выполнялся из чистого золота в виде звезды с восемью короткими лучами, покрытыми эмальированным орнаментом. В середине располагался круг, в центре которого помещались 4 бриллианта, расположенные в виде треугольника, означающего букву «А». Под ней в маленьком кружочке располагалась арабская цифра «III», окруженная бриллиантами. Вокруг шла надпись: «Орден Искандер Салис столичного города Благородной Бухары». Золотая застежка к ордену тоже была сделана в виде треугольника, окруженного орнаментом из эмали, орденская лента была темно-красного цвета с белой полосой посередине. <Эти ордена некоторое время существовали и после присоединения Бухары к советскому государству. На халатах у всех членов первой бухарской делегации, прибывших в Москву в 1918 году, были звезды ордена Благородной Бухары.>
В конце XIX века в Бухаре появились и медали, выдававшиеся за разные заслуги. Медали покрывались разноцветной эмалью и разделялись на три степени. Высшая степень — восьмигранная, такую медаль носили на шее на красной ленте, медаль второй степени была круглая, и ее носили на такой же ленте на груди. В последние годы существования Бухарского эмирата их стали делать из бронзы, позолоченными, медаль третьей степени была серебряной. | 
