При дворе были поражены победой, всю Англию охватило ликование. Пришло восторженное поздравление и от Эммы Гамильтон, поддерживавшей переписку с флотоводцем. 22 сентября эскадра во главе с «Вэнгардом» вступила на рейд Неаполя. Среди участников торжественной встречи оказалась леди Гамильтон, ставшая судьбой Нельсона до конца жизни. Она ухаживала за страдавшим от лихорадки и раны на лице контр-адмиралом, организовала великолепное празднование его сорокалетия.

Через три недели эскадра направилась к Мальте. Угрожая обстрелом, Нельсон заставил капитулировать французский гарнизон острова Гоцо. Однако защитники Мальты продолжали удерживать остров, и флотоводец вернулся в Неаполь.

Вновь поставленный на ноги заботами Эммы Гамильтон, Нельсон подтолкнул короля Фердинанда к активным действиям. Неаполитанская армия быстро освободила Рим, а Нельсон перебросил 5000 войск в Ливорно для наступления французам в тыл. Однако французское контрнаступление отбросило неаполитанцев к границе королевства и создало угрозу самому Неаполю. Король с семьей и ценностями тайно перешел на эскадру Нельсона, которая доставила монарха в Палермо на Сицилии. С ним прибыли леди Гамильтон и британский посол лорд Гамильтон. Вскоре французы овладели Неаполем и провозгласили Партенопейс-кую республику. Только после освобождения Неаполя Нельсон вернулся туда с королевской семьей. По требованию королевы Марии-Каролины Нельсон приказал повесить итальянского мятежного адмирала на рее, не препятствовал кровавой бойне, которую развернули в Неаполе против республиканцев королевские войска. Увлеченный личными делами, флагман даже не выполнил приказ идти к Менорке, и его спасло только то, что острову никто не угрожал.

В благодарность король Фердинанд по совету леди Гамильтон присвоил флотоводцу титул герцога Бронте, присоединив к титулу небольшое имение у подножья Этны на Сицилии, которое приносило три тысячи фунтов годового дохода. Контр-адмирал получил также от султана орден Турецкого полумесяца с большой звездой — высшую награду Турции немусульманину.

Главнокомандующий лорд Кейт считал, что Нельсон этого времени, увешанный орденами, выглядел жалко. Он доверил контр-адмиралу командование на Средиземном море. Но пока Нельсон оставался в Палермо с королевской семьей, опасавшейся жить в Неаполе, Наполеон Бонапарт морем прибыл во Францию и утвердил свою власть в качестве Первого консула. Кейт вернулся в Ливорно к началу 1800 года, вызвал Нельсона, чтобы заставить его действовать, прибыл с ним в Палермо, откуда через несколько дней эскадра Нельсона во главе с Кейтом направилась к Мальте. По пути встретили они французский 74-пушечный корабль «Женерё», один из спасшихся при Абукире, и Нельсон без приказа Кейта погнался и овладел им. Кейт отправился на север — помогать австрийской армии осаждать Геную. На Нельсона он возложил ответственность за блокаду Мальты. Через несколько недель Нельсон, не выдержав разлуки, сказался больным и вернулся в Палермо. Флагманский корабль он направил обратно, и командир «Фоудройанта» по пути к Мальте овладел последним французским кораблем, уцелевшим при Абукире. Эта удача на время успокоила критику в адмиралтействе действий Нельсона, который дошел до того, что продемонстрировал Гамильтонам предпринятый им специально обстрел Валетты с моря, а затем совершил с ними прогулку по морю.

Наконец терпение адмиралтейства лопнуло. Моряка вызвали на лечение в Англию. Последней почестью короля Фердинанда явился орден Св. Фердинанда с большой золотой звездой, который он учредил специально для моряка. Так как Нельсону с Гамильтонами для переезда не предоставили военный корабль, они направились по суше. Путешествие по Европе вылилось в триумф флотоводца. Восторженно встречал его и народ на родине. 6 ноября Нельсон прибыл в Ярмут. Основной трудностью являлись взаимоотношения с женой и любовницей, вызывавшие недовольство двора. Потому сразу же по прибытии вице-адмирал направил в адмиралтейство просьбу о незамедлительном назначении.

Вскоре дело для моряка нашлось. Организованный Павлом I союз вооруженного нейтралитета России, Швеции и Дании был направлен против интересов Великобритании. Нельсона произвели в вице-адмиралы синей эскадры и направили заместителем командующего флотом на Балтике адмирала Хайда Паркера. Флотоводец поднял флаг на корабле «Сан-Жозеф», который сам он взял в сражении у Сан-Висенти. Вскоре Нельсон выехал в Портсмут, где готовилась эскадра. Он торопился начать и быстрее закончить кампанию. Однако Хайд Паркер откладывал поход. Нельсон написал другу в адмиралтейство, что задержки грозят соединением шведского и датского флотов с русским. Предупреждение подействовало: 13 марта флот из Ярмута направился к Копенгагену. Хайд Паркер вновь не торопился действовать, а затем поручил Нельсону возглавить атаку датского флота с 10 кораблями, бомбардирскими судами и брандерами. Вечером 1 апреля,

осмотрев датские укрепления, вице-адмирал считал, что истребит их огнем корабельной артиллерии. Флотоводец намеревался применить ту же тактику, что и при Абукире: пройти вдоль линии части кораблей датского флота, начиная с арьергарда, взорвать их и перейти к следующим. Удачная перемена ветра позволила ему в сражении 2 апреля 1801 года занять нужную позицию. Но и датчане, поддержанные огнем батарей, чувствовали себя уверенно. Паркер, наблюдая обрушившийся на англичан шквал огня, поднял сигнал прекратить сражение. Нельсон на флагманском корабле «Элефант», приняв сигнал, не подчинился. Вскоре датский флагман «Даннеброг» загорелся, обрубил якоря и, отнесенный на середину пролива, взорвался. Были потоплены и выведены из строя 17 неприятельских кораблей. К вечеру вице-адмирал готовился атаковать датчан брандерами, однако первоначально предложил им капитулировать, угрожая сжечь плавучие батареи. Флотоводец блефовал, ибо несколько его кораблей стояли на мели под oгнем батарей. Однако принц Фредерик согласился сдать корабли и выполнить другие требования.                                                                                           За победу при Копенгагене Нельсон получил титул виконта; орденами его не наградили, ибо война не была объявлена. Паркера отозвали, и Нельсон стал командующим. Когда шведский флот вышел в море, одно движение британского флота заставило его бежать в гавань. Узнав о смерти Павла I, Нельсон все же решил продемонстрировать свою силу России и привел флот к Ревелю. Александр I, знакомый с боем при Копенгагене, объявил, что Россия не будет примыкать к антианглийским союзам.

Отдых флотоводца оказался недолог. После поражения Австрии Англия оказалась один на один с Францией. Наполеон Бонапарт собрал в Булони большой флот, чтобы испугать англичан и заставить подписать мир. В Англии за проливом считали себя в безопасности, однако все же решили укрепить юго-восточное побережье. Поручение это возложили на Нельсона, который решительно взялся за дело. Вскоре ему надоела рутинная работа, и он 1 августа предпринял обстрел Булони с целью показать, что угроз не испугались. Эту акцию с обеих сторон восприняли как несерьезную. Разозленный Нельсон через несколько дней повел для обстрела Булони флотилию, но противник оказался готов отразить высланные отряды, которые не взяли ни одного французского судна, потеряв 40 матросов. Вице-адмирал считал, что неудача последовала из-за того, что он не сам командовал операцией.

В октябре 1801 года Амьенский мир завершил англо-французскую войну. Нельсон получил отпуск и занялся устройством купленного для Эммы имения. Он знал, что Наполеон не позволит долго жить в мире.

Уже весной 1803 года Нельсона призвали на службу. В нарушение Амьенско-го мира Наполеон оккупировал Голландию, создал марионеточное правительство в Швейцарии и собирался стать императором. Вице-адмирала назначили главнокомандующим Средиземноморской зоны военных операций. В течение двух лет моряк искал неприятельский флот, чтобы его истребить. Корабли его патрулировали Средиземное и Адриатическое моря, блокировали Тулон, где стоял французский флот. Точнее, это была не блокада, а попытка небольшим отрядом патрулирующих судов выманить французов в море. Однако адмирал Ла Туш Тревиль не поддавался на обман, и Нельсону приходилось занимать своих моряков постоянными тренировками. Когда французский адмирал попробовал выйти из порта, Нельсон так решительно двинулся ему наперерез, что Ла Туш Тревиль вернулся в Тулон. Вскоре он умер, и его пост занял Пьер Вильнев, тот, что бежал из Абукирской бухты.

Нервное истощение побудило Нельсона просить отпуск. До отпуска его произвели в вице-адмиралы белой эскадры. Однако вступление Испании в войну на стороне Франции заставило моряка задержаться на флоте. Наполеон намеревался объединить корабли Голландии, Испании и Франции в армаду из 62 судов для вторжения в Англию. Когда часть французского флота вышла из Рошфора в Вест-Индию и Вильнев вывел часть флота из Тулона, воспользовавшись штормом, Нельсон исколесил Средиземное море, пока не узнал, что французский адмирал из-за непогоды вернулся в Тулон. В конце марта 1805 года Вильнев вновь пробовал оставить порт, чтобы соединиться с идущей из Рошфора эскадрой, но приближение британской эскадры заставило его повернуть к берегам Европы. Французский флот вернулся в Тулон, выдержав сражение у мыса Финистерре с британской эскадрой Роберта Кальдеры и потеряв два корабля.

Впервые за два года Нельсон ступил на берег в Гибралтаре. Наконец он получил отпуск и 19 августа 1805 года в Портсмуте был встречен восторженными толпами народа. Отпуск он провел в имении, в кругу непризнанной семьи — Эммы и дочери Горации, которую объявили приемной. Иногда вице-адмирал ездил на совещания в адмиралтейство. Появление Нельсона на улице вызывало подъем энтузиазма простых англичан.

1 сентября Нельсон узнал, что флот Вильнева, усиленный до 14 кораблей, не пошел к северу для поддержки высадки, а зашел в Кадис, чтобы соединиться с испанским. За портом наблюдала британская эскадра. Нельсон решил разбить союзный флот и, получив благословение Эммы, на следующий же день послал рапорт в адмиралтейство. Моряка сразу же восстановили в должности командующего эскадрой и указали Кадис в качестве зоны особой ответственности.

Наполеон был вынужден отказаться от высадки в Англии и обвинял в этом трусливых адмиралов. С другой стороны, Нельсон считал, что все его действия зависят от планов Наполеона. Он предложил тактику, которая произвела впечатление на высшие чины адмиралтейства. Флотоводец считал, что необходимо давать свободу командирам кораблей, чтобы они самостоятельно сражались в схватке, преследуя цель — уничтожить врага. План этот Нельсон высказывал многим, чтобы все прониклись идеей. В частности, моряк говорил, что на построение флотов в линии уходит слишком много времени, и намеревался разбить флот на три колонны, две из них направить на линию противника, чтобы отрезать примерно ее треть, а третью под командованием наиболее опытного флагмана оставить на ветре для атаки на важнейшем участке боя по выбору Нельсона или этого флагмана. Флотоводец полагал, что смелость атаки должна сбить с толку французов. Сведения о его замыслах дошли и до Вильнева, но тот не смог их использовать.

С вечерним отливом 15 сентября «Виктори» выступил, чтобы присоединиться к эскадрам Коллингвуда и Кальдера. Нельсон выслал вперед быстроходный фрегат с приказом, запрещающим его встречу традиционным салютом, и указом расположить корабли настолько далеко, чтобы противник не подозревал о противостоящих ему силах и о прибытии флагмана.

Наполеон приказал Вильневу оставить Кадис, соединиться с испанским флотом у Картахены и до прибытия Нельсона укрыться в Тулоне. Он внушал: «Наш план состоит в том, что, встретив врага, располагающим меньшими силами, вы должны не колеблясь атаковать его и одержать победу». Однако Вильнев нарушил приказ. Не считая Вильнева пригодным на роль главнокомандующего в сражении, Наполеон выслал ему замену. Узнав об этом, французский адмирал поторопился выйти из Кадиса.

Нельсон выжидал в засаде появления вражеского флота. 29 сентября он собрал 15 командиров кораблей на празднование 47-летия и высказал им свой замысел. Моряки были воодушевлены его прибытием. Они поняли план атаки, предложенный главнокомандующим. Это видно из того, как план этот они осуществляли в бою.

Располагая 27 кораблями против 33 неприятельских, Нельсон намеревался атаковать двумя колоннами, которые должны были разрезать вражескую линию в двух местах и громить ближайшие корабли. Зная о сложности управления в дыму, он предписывал: «Если вы не увидите сигналов или не поймете их, ставьте свой корабль рядом с вражеским — в этом не будет ошибки». Флотоводец полагал, что разгром французского флота — это половина договора о мире.

19 октября Нельсон узнал, что флот Вильнева готовится к выходу, и расположил свои силы так, чтобы преградить французам путь возвращения в Кадис. На рассвете следующего дня Вильнев выступил и направился к Гибралтару. Когда французский адмирал увидел мощь британского флота, он пытался вернуться в базу, но корабли Нельсона уже преградили ему путь.

Флотоводец маневрировал западнее противника. 21 октября в 5 часов утра был обнаружен недалеко от испанского мыса Трафальгар франко-испанский флот. За полчаса, которые потребовалось противнику, чтобы заметить англичан, Нельсон успел построить флот в две колонны. С утра он надел парадный мундир с орденами. Когда его попросили одеться менее заметно, Нельсон отвечал, что честно заслужил награды и честно с ними умрет.

Несколько часов, в которые флоты сближались, Нельсон совещался с офицерами и написал завещание, в котором просил родину и короля позаботиться об Эмме и Горации, напоминая о заслугах леди Гамильтон перед Англией. Для того чтобы поднять боевой дух команд, он приказал дать сигнал «Англия ожидает, что каждый исполнит свой долг».

Нельсон на «Виктори» возглавлял колонну из 14 кораблей, а вторую, из 13 кораблей, вел вице-адмирал Коллингвуд на «Ройял Соверин». Головные корабли попали под шквальный огонь, но прорезали строй противника, разбив его на изолированные группы и уничтожая их по частям. «Виктори» оказался в центре сражения. Неприятельские снаряды крушили снасти и людей. Стрелок с марса французского корабля «Редутабль» поразил выстрелом выделяющегося среди прочих флотоводца. Пуля прошла через левое плечо в позвоночник. Нельсона снесли в госпиталь, но помочь было невозможно, и в 16 часов 30 минут он скончался. Перед смертью его беспокоили два вопроса: исход сражения, в котором он надеялся взять 20 кораблей, и судьба близких.

Сражение было выиграно и прекратилось к минуте смерти флотоводца. 20 кораблей были либо взяты, либо потоплены, остальные бежали. После этого разгрома британский флот получил превосходство на море, и Наполеону пришлось отказаться от вторжения на Британские острова.

Тело Нельсона по его просьбе в бочке с коньяком отправили на родину. Вся Англия скорбела. В начале января 1906 года тело в дубовом гробу — памяти Абукира — выставили для прощания на судне в Гринвиче, потом перевезли в Лондон, а 9 января организовали торжественные похороны в соборе Св. Павла. В церемонии участвовал и взятый в плен Вильнев.             

Благодарная родина осыпала милостями леди Нельсон и других его родственников; однако последнюю просьбу в отношении Эммы Гамильтон и Горации не выполнила. Эмме, привыкшей жить широко, пришлось влезть в долги, бежать за границу от кредиторов; умерла она в нищете. Дочь Нельсона так и не узнала, что она ему не приемная, а родная.

В память Нельсона называли корабли, поставили памятник на Трафальгарской площади в Лондоне, сохранили восстановленный корабль-памятник «Виктори».

Некоторые называют Нельсона величайшим флотоводцем всех времен и народов. Вряд ли это справедливо. Его тактические приемы (прорезание линии, решительная атака на флагманов противника, использование резерва на решающем участке, атака несколькими колоннами) применяли ранее Джервис, Круз, Ушаков и некоторые другие адмиралы. Успех Нельсону приносили умение моряков, позволявшее маневрировать в сложных условиях, тщательность подготовки к бою и твердость в доведении его до полной победы. Серьезное значение имели та любовь и доверие, которое ощущали моряки к своему флагману. Именно они побуждали англичан драться до последнего, защищая отечество.