Млекопитающие в Байкале представлены единственным эндемичным видом — нерпой (тюленем), вся жизнь которой непосредственно связана с водной средой. Байкальская нерпа — реликт третичной фауны. Время её отделения от общего ствола предков — около 20 тысяч лет.

Живёт в «жемчужине Сибири» маленький тюлень — байкальская нерпа, близкий родственник нерпы кольчатой (обитает в Ледовитом океане), и относится к семейству настоящих тюленей, одному из трёх семейств отряда ластоногих наряду с ушастыми тюленями и моржами.

Никто до сих пор не знает, как нерпа попала в Байкал. С этой загадкой связана легенда о том, что Байкал соединён таинственным каналом с Ледовитым океаном. Но, конечно, никакого туннеля нет. Считается, что нерпа проникла в озеро из Ледовитого океана через систему рек Енисей—Ангара в ледниковую эпоху.

Нерпа населяет практически всю акваторию Байкала, но неравномерно. Больше всего её на Среднем Байкале (около половины популяции) и на востоке озера (треть популяции). Остальная часть предпочитает Южный Байкал. Главные лежбища — губа Аая, мыс Саган, мыс Хобой и, конечно, Ушканьи острова, самое большое лежбище. Здесь животных привлекают хороший корм, удобные камни для отдыха и, главное, почти нет людей. Небольшие группки нерп можно встретить на прибрежных камнях у скалистых мысов северо-восточного побережья Байкала.

Взрослая нерпа покрыта плотным коротким волосом, который на спине имеет однотонную буровато-серую окраску с оливково-сизым и серебристым оттенком, а по бокам и на брюшке — более светлый. Но греет не мех, а подкожный слой жира, достигающий толщины до 12 см. Он защищает животных от холода и случайных травм, является аккумулятором энергии, повышает плавучесть и у нормально упитанных животных составляет более пятидесяти процентов от веса тела. Средний вес взрослого зверя около 50–60 кг при длине 150 см. Но бывают очень крупные животные весом до 100–120 кг при длине 170–180 см.

Нерпята рождаются с мягким белым мехом, который делает их незаметными на снегу, — выделяются лишь большие чёрные глаза.

Зиму большинство нерп проводят в одиночестве, каждая на своём небольшом участке, в торосистом льду, вдали от берегов, имея, кроме основной лунки, ещё до двух десятков дополнительных. В толщах снежных наносов нерпы создают логова, где у самок в марте рождаются белые пушистые нерпята. В логове есть только один вход-выход — в воду. Взрослая нерпа проскребает его когтями передних лап и всю зиму не даёт замёрзнуть. И нерпёнок, едва родившись, тоже начинает рыть ходы, но в снегу. Выход наружу для нерпёнка опасен — его легко могут заклевать вороны.

Молочное вскармливание длится до тех пор, пока нерпа не потеряет детёныша во время майского ледохода среди плавающих льдин. Весной нерпы любят понежиться на солнышке.

У нерп очень чувствительные вибриссы-волоски на верхних губах и над глазами. Они помогают ориентироваться и ловить рыбу. Иногда можно встретить слепую нерпу, но обычно такие звери достаточно упитанны.

Ноздри нерпы — две вертикальные щели — при погружении в воду закрываются и держатся закрытыми силой давления воды.

Уши — просто небольшие отверстия, которые также закрываются в воде. У нерпы очень хороший слух: шаги человека при хорошей погоде она улавливает на расстоянии 200–400 метров. А запах человека при благоприятном ветерке тюлень чувствует за 1,5–2 км.

Рацион нерпы в основном состоит из голомянко-бычковых рыб, не имеющих промыслового значения для человека. Нерпа съедает этих рыбок около трёх килограммов в сутки.

У байкальской нерпы нет естественных врагов… Кроме человека.

Сокращение численности байкальской нерпы происходит в основном из-за охоты — лицензионной и браконьерской, а также химического загрязнения озера.

Первые регулярные научно-исследовательские работы по нерпе начал профессор Пастухов в 1966 году. С началом экономического кризиса в конце 1980-х годов регулярные наблюдения за популяцией прекратились. Только в 1994 году удалось организовать учёт. Общую численность нерпы оценили в сто с небольшим тысяч особей.

В связи с тревожными сообщениями о гибели нерпы и сокращении её поголовья потребовалось провести новый подсчёт и в апреле 2000 года. Гринпис провёл ледовую экспедицию. Было обработано 16 маршрутов, пересекающих Байкал с берега на берег, и проведён полный учёт нерпы. Независимые учёные, привлечённые Гринпис к экспедиции, сделали неутешительные выводы о том, что численность уникального тюленя заметно сократилась.

В 1999 году официальные органы считали, что численность нерпы составляет 120 тысяч особей. В соответствии с этим рассчитывалась недопустимо большая квота на добычу нерпы. Кстати, узнав о планируемой Гринпис экспедиции, «Байкалрыбвод» снизил квоту почти в 2 раза — до 3500 голов. Была также запрещена охота с лодок.

Вскоре выяснилось, что численность «основного запаса» популяции нерпы составила всего 67165 голов. Кроме того, наблюдается общее старение популяции из-за активного промысла детёнышей нерпы — кумутканов. В период ледовой охоты в последние 5–6 лет гибло до 90% молодых животных. В результате репродуктивный потенциал популяции снижается и в скором времени это может послужить причиной ещё большего снижения её численности. Группы охотников вытеснили нерпу из естественных мест обитания (расположенных в северной части озера) в среднюю часть, где климатические и пищевые условия значительно хуже.

Частично учёт численности байкальской нерпы был повторён во время второй ледовой экспедиции Гринпис — в апреле 2001 года. Их результаты полностью подтвердили прошлогодние выводы. Сейчас можно с уверенностью утверждать, что в Байкале обитает около 70 тысяч особей. Цифра указывает на то, что уникальный тюлень находится под угрозой.

Гринпис требует полного запрета коммерческой добычи нерпы на ближайшие 4–5 лет. Исключение может быть сделано только для так называемого «традиционного природопользования» местного населения.