Началом 1600-х годов датируется «Кремленаград» — удивительный по красоте и точности изображения план Кремля. Он показывает, как улицы Москвы, пройдя через Спасские, Никольские, Троицкие ворота Кремля, продолжают своё движение к его центру, где вливаются в Соборную и Ивановскую площади. План передаёт характерные черты кремлёвских дворов — их замкнутый характер, расположение всех входов в здания со стороны двора, выделение его парадной и хозяйственной половин.

Неизвестный автор явно любуется разнообразием и выразительностью архитектурных форм. Интересно, что в поле его зрения вошли только каменные сооружения и что, при всей достоверности, он слегка акцентирует здания, возведённые царём Борисом. Обширностью и уникальностью каменных строений привлекает внимание Цареборисов двор, где жил Годунов до его избрания на царство. На территории Государева двора, который к этому времени занял всю юго-западную часть Кремля, хорошо виден Запасной дворец, построенный при Борисе Годунове. Он выстроен в форме очень значительного по размеру каре, южная сторона которого поставлена на высокий цокольный этаж, выполняющий одновременно роль мощной подпорной стены крутого холма. На «царицыной половине» двора отмечена Золотая палата, возведённая для царицы Ирины, сестры Бориса Годунова. На Ивановской площади расположились каменные здания приказов, также возведённые при царе Борисе. «Кремленаград» не даёт возможности рассмотреть их архитектурные формы, но в альбоме шведского инженера Э. Пальмквиста, приезжавшего вместе с королевским посольством в Москву в 1674 году, дважды воспроизведён Посольский приказ. Видимо, это светское здание конца XVI века, построенное в стилистических традициях возрождения, казалось автору одним из наиболее выразительных в Кремле.

Борис Годунов связывал с Кремлём и более широкие градостроительные планы. В 1600 году колокольня Ивана Великого получила ещё один ярус звона, и её высота достигла восьмидесяти одного метра. Москва нуждалась в подобной вертикали, способной зрительно объединить огромный город. Не лишено оснований предположение о том, что надстройка колокольни была первым этапом осуществления идеи царя Бориса возвести в Кремле подобие Иерусалимского храма. Его предполагаемые размеры, возможно, и вызвали увеличение высоты столпа. Но этот замысел не был воплощён. Надпись золотыми буквами под главой колокольни увековечила имя Бориса Годунова и его наследника — сына Фёдора.

Но основать новую династию Борису Годунову не пришлось — слишком сильны были его противники, знатные семейства князей Шуйских и бояр Романовых.

После смерти царя Бориса в 1605 году в России началась ожесточённая борьба за власть. Она сопровождалась заговорами, появлением царей-самозванцев и иностранной интервенцией. Период 1605–1612 годов вошёл в историю под названием Великой Смуты.

В 1612 году народное ополчение во главе с князем Дмитрием Пожарским и купцом из Нижнего Новгорода Кузьмой Мининым после упорных боёв с поляками, длительной осады Китай-города и Кремля освободило Москву от интервентов. По свидетельству современников, перед вошедшими в Кремль предстала картина полного запустения. Церкви были ограблены и осквернены, значительно пострадала царская сокровищница, все деревянные постройки были разобраны на дрова и сожжены. Всем миром москвичи стали расчищать кремлёвский холм от всего, что напоминало о захватчиках.

В начале 1613 года в Грановитой палате Кремля был созван Земский собор, который избрал на царство шестнадцатилетнего Михаила Фёдоровича Романова — первого царя новой династии, правившей в России триста лет. В 1635–1636 годах «каменных дел подмастерья» Бажен Огурцов, Антип Константинов, Трефил Шарутин и Ларион Ушаков возвели для царя Михаила Фёдоровича Теремной дворец с приёмными залами и жилыми покоями. Его живописный силуэт, высокая кровля и яркий декор придали парадной половине Государева двора празднично-нарядный облик.

XVII век был настолько насыщен событиями, что люди, жившие в это столетие, назвали его «бунташным». При этом они имели в виду не только восстания и войны, но и сам характер жизни русского общества. Середина XVII века была отмечена глубоким идеологическим кризисом, вошедшим в историю под названием Великого раскола. Его причиной стала реформа русской церкви, вдохновителем которой был царь Алексей Михайлович — сын царя Михаила Романова, а проводил её на первых порах царский любимец — патриарх Никон.

В 1652–1656 годах, в период взлёта своей карьеры, Никон перестроил патриарший дворец в Кремле. Исполнителями заказа были русские мастера Алексей Корольков и Иван Семёнов. Особое восхищение современников вызывал парадный зал дворца — Крестовая палата, где заседали церковные соборы и устраивались пиры в честь высоких гостей. В каменных палатах дворца хранились сокровища Патриаршей ризницы, не менее ценные, чем Государева казна.

При всей устойчивости средневекового быта, в XVII столетии в него стали проникать элементы новой европейской культуры. Так, во времена царя Алексея Михайловича началось увлечение театром. Для спектаклей придворной труппы использовались кремлёвские палаты боярина И.Д. Милославского, тестя царя Алексея Михайловича, выстроенные в начале 1650-х годов. И хотя в дальнейшем это здание неоднократно меняло своё назначение, в историю оно вошло под названием Потешного дворца (слово «потеха» означает «развлечение, забава»).

Во время царствования Алексея Михайловича значительно вырос и усложнился государственный аппарат. В 1675–1680 годах было возведено новое двухэтажное здание приказов, которое протянулось вдоль бровки холма, от Архангельского собора почти до Спасской башни. Оно завершило формирование ансамбля Ивановской площади, на противоположной стороне которой к этому времени поднялись новые корпуса и храмы Чудова монастыря, и придало более законченный вид панораме Кремля со стороны Москвы-реки.

В 1620–1680-е годы получили ярусные шатровые завершения угловые и проездные башни Кремля (кроме Тайницкой и Никольской). Промежуточные башни, и особенно башни южной, речной стороны, были надстроены скромными низкими шатрами, не мешавшими обзору кремлёвских соборов и дворцов.

К концу XVII века Кремль достиг своего расцвета. Самобытная красота и выразительность его архитектурно-художественного ансамбля вызывала у современников не только искреннее восхищение, но и образное сравнение с райским градом Иерусалимом.

Вместе с XVII столетием закончился средневековый период русской истории с его традиционной культурой, устоявшимся бытом, представлениями о мироздании. «Златоглавая матушка Москва» выполнила свою миссию собирания земель и создания единого Российского государства.

Новый, XVIII век, начался бурной преобразовательной деятельностью Петра I. В 1712 году столица России была перенесена на берега Невы в город святого Петра — Санкт-Петербург.

А для Москвы (так уж случилось) первый год нового столетия начался страшным пожаром в Кремле. Пётр I приказал в его выгоревшей части, между Троицкой и Собакиной башнями, строить Арсенал (Цейхгауз). Шла Северная война, и Карл XII готовил поход на Москву. В связи с этим Кремль был укреплён бастионами и рвами. После знаменитой победы под Полтавой опасность миновала.

Здание Арсенала было достроено только в 1736 году императрицей Анной Иоанновной.

В XVIII и XIX веках Успенский собор Московского Кремля по-прежнему оставался главным храмом России. Как в старину, так и теперь здесь освящалась высшая государственная власть. Для пышной церемонии коронации в Кремль приезжали все императоры и императрицы. Но древний Кремль всё меньше и меньше отвечал требованиям престижа, комфорта и вкуса Нового времени. Неизбежно он стал менять свой облик. На месте древних палат и церквей, владений бояр и монастырей стали появляться современные дворцы.

В 1749–1753 годах были разобраны палаты Государева двора XV века, и на их основаниях Ф.Б. Растрелли возвёл в стиле барокко новый каменный Зимний дворец, выходивший одной стороной к Соборной площади, а другой — к Москве-реке.

В 1756–1764 годах между Благовещенским и Архангельским соборами, на месте древнего Казённого двора, архитектор Д.В. Ухтомский возвёл здание галереи Оружейной палаты, в которой должны были разместиться сокровища царской казны. Но через несколько лет здание снесли в связи с предполагавшейся грандиозной перестройкой Кремля по проекту В.И. Баженова и возведением нового дворца. Замысел не был осуществлён, но в результате сносов, которые предшествовали строительству, Кремль потерял многие древние здания, была оголена и больше не застраивалась юго-восточная часть бровки холма.

В 1776 году по проекту М.Ф. Казакова был построен так называемый Архиерейский дом.

Это небольшое, но представительное здание в стиле классицизма оформило угол Чудова монастыря и сделало более чётким пространство Ивановской площади Кремля.

В 1763 году императрица Екатерина II разделила Сенат на департаменты и два из них перевела в Москву. Для строительства здания Сената был отведён участок в Кремле, между Чудовым монастырём и Никольской улицей. Архитектор М.Ф. Казаков учёл его конфигурацию и в 1776–1787 годах возвёл сооружение в форме равнобедренного треугольника с внутренним двором. Купол Сената, увенчанный статуей Георгия Победоносца, поднялся над крепостной стеной и усилил композиционную связь Кремля с Красной площадью. Новое здание, построенное в стиле классицизма, расположилось напротив Арсенала и образовало цельный ансамбль Сенатской площади, соединив в памяти потомков имена двух наиболее известных правителей и реформаторов России XVIII века — Петра I и Екатерины II.

Новый этап в понимании роли и ценности Кремля нашёл отражение в проекте его перестройки архитектора М.Ф. Казакова 1790-х годов. Он также предусматривал создание в Кремле регулярных, «правильных» площадей, классических дворцов и правительственных зданий. Но, в отличие от проекта В.И. Баженова, бережно сохранял древние памятники, считая необходимым придерживаться определённого расстояния между старыми и новыми строениями. И хотя этому проекту также не суждено было осуществиться, он утвердил сложившееся к концу XVIII века представление о Кремле как о едином художественном ансамбле.

Начало XIX века стало переломным моментом в судьбе кремлёвских сокровищ. В 1806 году император Александр I подписал указ «О правилах управления и сохранения в порядке и целости находящихся в Мастерской и Оружейной палате древностей». В том же году на месте Троицкого подворья и Цареборисова двора начали возводить специальное здание музея. К 1810 году строительные работы были завершены, главный фасад музея украсили барельефы на темы отечественной истории, а аттик был увенчан статуями выдающихся просветителей России. Архитектор И.В. Еготов сумел не только вписать новое протяжённое здание в ансамбль существовавшей Сенатской площади, но и создать между музеем, Троицкой башней и Арсеналом ещё одну небольшую площадь Кремля, получившую название Троицкой.

Но сразу разместить музей в новом здании не удалось. В июне 1812 года армия Наполеона перешла границу России. Отступая, русская армия вынуждена была оставить Москву. Царская сокровищница была вывезена в Нижний Новгород. Только в 1814 году, после ремонта, в здании архитектора И.В. Еготова был открыт первый музей отечественной истории, получивший название Московской Оружейной палаты. Перед широкой публикой предстали древние государственные регалии, троны, коронационные одежды, золотая и серебряная посуда, личные царские вещи, старинное оружие, трофеи Полтавской битвы и памятники Отечественной войны 1812 года.

Сожжённая, разграбленная, но непокорённая древняя столица вызвала высокие патриотические чувства. Появилось стремление не только поднять город из руин, но и бережно сохранить исторические особенности его застройки и своеобразие архитектурного облика. В возрождении Москвы приняли участие все ведущие зодчие России. В Кремле в прежних формах были восстановлены взорванные стены и башни, Арсенал, Успенская звонница и Филаретова пристройка колокольни Ивана Великого. Постепенно вернулись к жизни опустошённые и осквернённые кремлёвские храмы и монастыри.

По указу императора Николая I в 1838–1851 годах в Кремле был возведён в «национальном русском» стиле новый дворцовый комплекс. Он включил Большой Кремлёвский дворец, построенный на месте Зимнего дворца, здание Апартаментов и более удобное и торжественное здание музея — Московской Оружейной палаты. Архитектор К.А. Тон вёл строительство в границах древнего Государева двора с учётом его исторически сложившихся планировки и застройки. Он сумел композиционно объединить новые здания и уникальные памятники архитектуры XV–XVII веков. Впервые строительству предшествовала реставрация древних церквей и палат, а архитектурные формы и декор теремов XVII века в значительной степени определили внешний облик возводимого дворца. Новые здания образовали ансамбль единственной в Москве площади, созданной в стиле историзма. Она получила название Дворцовой, или Императорской. Пространство площади было открыто к Москве-реке и свободно перетекало в Боровицкую улицу, идущую вдоль бровки холма. В панораме Кремля дворцовый комплекс создал сильный акцент, утраченный после сноса Запасного дворца Бориса Годунова. Но при этом он не лишил древнюю Соборную площадь её исконной роли композиционного центра всего архитектурно-художественного ансамбля.

Пространство к востоку от Соборной площади после сноса приказов оставалось открытым и получило название Драгунского плаца — места, где в XIX веке проходили смотры войск. В 1898 году здесь был открыт памятник Александру II. Статуя императора в полный рост располагалась на пьедестале под сенью высокого шатра. С трёх сторон её окружала галерея с лестницами — сходами к подножию холма. Памятник представлял собой масштабное архитектурное сооружение, которое в какой-то степени вернуло этой части кремля объёмный акцент.

В конце XIX – начале XX века Московский Кремль всё больше осознавался как памятник истории и культуры. Всё чаще сокровища Оружейной палаты, кремлёвских соборов и Патриаршей ризницы участвовали во всероссийских и международных выставках. Потешный дворец XVII века по существу стал хранилищем музейных ценностей. А в 1912 году в ведение Комитета по организации музея Отечественной войны 1812 года было передано здание Арсенала. Не хватило нескольких лет мирной жизни, чтобы этот замысел был осуществлён.

Юбилейным для России стал 1913 год: триста лет освобождению Москвы от интервентов и триста лет Дому Романовых. Последняя дата отмечалась особенно торжественно. В Кремле, в митрополичьих покоях Чудова монастыря, была открыта выставка памятников искусства XVII века, собранных из многих монастырей и храмов России. Она имела столь большой резонанс, что в том же году было принято решение о создании рядом с Кремлём Музея церковной старины и древностей, где предполагалось разместить сокровища Патриаршей ризницы и библиотеки. Осуществить эти планы помешала начавшаяся в 1914 году Первая мировая война. Сама же идея продолжала жить, и к 1916 году она приобрела даже более масштабный характер — превратить весь Кремль в «Акрополь искусств и старины». Но следующий, 1917 год, резко изменил судьбу Москвы и Кремля.

В марте 1918 года Советское правительство переехало из Петрограда в Москву, и она обрела статус столицы Российской Советской Федеративной Социалистической Республики (РСФСР), с 1922 года — Союза Советских Социалистических Республик (СССР). Кремль стал местом работы высших органов власти государства. В 1918–1922 годах в здании Сената располагался кабинет и квартира В.И. Ленина, а затем, вплоть до 1953 года, — И.В. Сталина. Всё это время для свободного посещения Кремль был закрыт.

В 1935 году были сняты 4 орла, находившиеся на Спасской, Никольской, Боровицкой и Троицкой башнях, и установлены на них пятиконечные звёзды.

В 1937 году на пяти башнях Кремля (добавилась ещё Водовзводная башня) были установлены рубиновые светящиеся звёзды. Размер их различён — от 3 до 3,75 метра.

В результате антирелигиозной пропаганды, которая особенно активно проводилась в 1930-е годы, в стране были не только закрыты, но и разрушены многие монастыри и храмы. Значительные утраты понёс и Московский Кремль. Самой большой из них стал снос в 1929 году двух древних и прославленных монастырей — Чудова и Вознесенского. Возведённое на их месте здание Военной школы вряд ли украсило Кремль, но у каждого времени своё лицо…

В грозные годы Великой Отечественной войны все сокровища Оружейной палаты были эвакуированы из Москвы, а сам Кремль, к счастью, практически не пострадал. С 1955 года он вновь стал доступен для осмотра. Миллионы российских и иностранных граждан стали знакомиться с Оружейной палатой, историческими реликвиями и святынями кремлёвских храмов, а в бывшем Патриаршем дворце был открыт Музей прикладного искусства и быта России XVII века.

В 1961 году у Троицких ворот, на месте первого здания Оружейной палаты, был возведён Дворец съездов, который, как и всё, что строили в Кремле, стал символом своего времени. В огромном зале Дворца проходили съезды Коммунистической партии Советского Союза (КПСС), международные конгрессы и форумы.

В 1970–1980-х годах в Московском Кремле были проведены уникальные по составу и масштабу ремонтно-реставрационные работы.

В 1990 году Московский Кремль был включён в Список всемирного культурного и природного наследия ЮНЕСКО. В следующем году располагавшиеся на его территории музеи были преобразованы в Государственный историко-культурный музей-заповедник «Московский Кремль», в состав которого вошли знаменитая Оружейная палата, Успенский, Архангельский, Благовещенский соборы, церковь Ризположения, Музей прикладного искусства и быта России XVII века, архитектурный ансамбль колокольни Ивана Великого.

В декабре 1991 года СССР как единое государство, включавшее пятнадцать республик, прекратил своё существование. Москва стала столицей независимой России, а древний Кремль — резиденцией президента страны.

В 1997 году Москва торжественно отметила свой 850-летний юбилей. Большие реставрационные работы прошли в Московском Кремле. Было восстановлено знаменитое Красное крыльцо Грановитой палаты, возрождены Александровский и Андреевский залы Большого Кремлёвского дворца, проведена реставрация здания Сената. В дни больших церковных праздников в соборах проходят торжественные богослужения, после долгого молчания зазвонили кремлёвские колокола. Но есть и невосполнимые утраты, память о которых также хранит эта древняя цитадель на Боровицком холме.