В 1920–1930 годы Валаам, как и в былые времена, притягивал к себе людей, потерявших самое дорогое, что у них было, — родину. Для русских эмигрантов обитель была островком той былой, ушедшей в историю Руси. В летнее время обитель посещали паломнические группы из Эстонии и Финляндии. С одной из таких групп на Валаам приехал священник из Таллина священник Михаил Ридигер, которого сопровождал сын Алексей, будущий патриарх Русской православной церкви.

В 1939 году советско-финские отношения ухудшились. В сентябре финские войска, дислоцированные на острове Валаам, были приведены в боевую готовность. Семьи военных эвакуировали вглубь Финляндии. 12 октября в монастыре был прекращён колокольный звон. 30 ноября 1939 года в 8 часов утра войска Красной армии начали военные действия на финском фронте. Валаамский архипелаг не был местом военных действий, но обитель не раз подвергалась бомбардировкам. 20 декабря 1939 года началась постепенная эвакуация братии.

Наибольшему разрушению монастырь подвергся в результате бомбардировок 2 и 4 февраля, когда Валаам в несколько заходов бомбили более 70 советских самолётов. Казалось бы, монастырь должен быть стёрт с лица земли, бомба, предназначавшаяся для разрушения Спасо-Преображенского собора, упала всего в нескольких метрах от главного входа и не взорвалась. От прямого попадания в больничную церковь Живоносного источника загорелось северное крыло братского корпуса, но уцелела уникальная библиотека, насчитывающая 29000 томов. Чудом, по молитвам преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев, главная святыня Валаама — Спасо-Преображенский собор, остался цел. 5 февраля монастырская братия во главе с игуменом Харитом была эвакуирована вглубь Финляндии.

13 марта 1940 года валаамские иноки по радио узнали, что подписан мирный договор между Финляндией и СССР, по которому вся Карелия с монастырями Валаамским, Коневским и Линтульским отошли к СССР. По договору жителям давалось несколько дней для отъезда вместе с имуществом с передаваемой территории в Финляндию.

19 марта 1940 года Валаамский архипелаг был передан советским войскам. В июне 1940 года народный комиссар Военно-морского флота СССР адмирал Н.Г. Кузнецов подписал приказ о создании единой школы боцманов ВМФ на базе двух существующих с дислокацией на острове Валаам. В августе на остров прибыли первые курсанты. В школе было создано две роты боцманов, которые разместились в монастырской гостинице. В августе 1940 года Наркоматом ВМФ СССР был отдан приказ о наборе в роту юнг, которая предполагалась как особое учебное подразделение школы боцманов.

С первых дней войны юнги и курсанты на учебных шхунах помогали буксировать баржи с ранеными бойцами 168-й стрелковой дивизии полковника Бондарева, защищавшей Северное Приладожье, несли службу по охране острова. Первая рота школы боцманов была выпущена с присвоением курсантам званий старшин и распределением по флотам ВМФ. Из оставшихся в школе курсантов и юнг была создана 1-я отдельная стрелковая рота, вошедшая в состав формировавшейся на острове 4-й отдельной бригады морской пехоты. 19 сентября утром канонерские лодки «Вира», «Бурея» и «Селемеджа», на бортах которых разместился весь бывший состав школы боцманов, покинули остров. Часть курсантов и юнг, не вошедших в состав 1-й отдельной стрелковой роты, несли охрану водного района Ладожской флотилии. Они принимали участие в боевых операциях по обороне Волхова и берегов Ладоги, охране «Дороги жизни», высадках разведывательных десантов на острова. Такие десанты высаживались и на остров Валаам.

20 сентября 1941 года, после проведённой воздушной разведки, на остров высадились финские войска. Сразу начались работы по укреплению обороны острова: привезены артиллерийские орудия, на мысу Чёрный Нос установили новую батарею. Части, дислоцированные на Валааме, не принимали участия в военных действиях. В 1941–1944 годах не было и бомбардировок острова. Лишь дважды на протяжении войны советские корабли приближались к Валааму, но каждый раз поворачивали назад прежде, чем попали под удар артиллерии.

22 ноября 1941 года игумен Харитон послал пять иноков во главе с иеромонахом Филагрием для приведения в порядок Валаамского хозяйства. Во время военных действий иноки несколько раз побывали в монастыре. 20 июня 1944 года они вновь, после очередного посещения, должны были покинуть родную обитель, и на этот раз навсегда. Военные подразделения финской армии, общая численность которых составляла не менее 2000 человек, покинули архипелаг 19 сентября 1944 года. Некоторые финские фортификационные сооружения до сих пор напоминают о тех трагических днях в истории острова.

С 1945 по 1957 год Ново-Валаамский монастырь находился в юрисдикции Русской православной церкви, после чего Ново-Валаамская обитель была передана финской церкви. В связи с этим по ходатайству митрополита Новгородского и Ленинградского Григория (Чукова), власти Советского Союза разрешили валаамским инокам вернуться на родину. Семь монахов с Нового Валаама стали насельниками Псково-Печерского монастыря.

…Шло время, и к середине 1970-х годов на Новом Валааме осталось только два русских инока: архимандрит Симфориан (1892–1981) и монах Акакий, умерший в 110-летнем возрасте в 1984 году. С их кончиной завершилась история русского Нового Валаама, который теперь населяют монахи-финны, их общину возглавил игумен Пантелеймон (ныне митрополит). Богослужения в обители с 1977 года совершаются на финском языке и по новому календарному стилю. На Новом Валааме, а также в городе Куопио, где находится единственный в Западной Европе музей Православной церкви, хранятся многие святыни, вывезенные с Валаама ещё в 1940 году: рака преподобных Сергия и Германа, иконы, Евангелия, предметы церковной утвари. К 800-летию православия в Финляндии на Новом Валааме был воздвигнут каменный, в новгородском стиле, Спасо-Преображенский собор. Построен он был на средства общества друзей Нового Валаама по проекту финского архитектора русского происхождения И.Н. Кудрявцева и был освящён 5 июня 1977 года. Братию, численностью 14 человек, ныне возглавляет архимандрит Сергий.

Старый же Валаам на долгие годы был обречён на забвение. Осенью 1944 года на опустевший остров прибыли несколько девушек, бойцов тылового подразделения, для обеспечения фронта молочными продуктами. Для Валаама начиналась новая жизнь: без церквей и службы, без колокольного звона и молитвы, жизнь суетная и хлопотливая. В 1949 году на острове был создан совхоз. В течение тридцати двух лет (1952–1984) здесь находился дом-интернат для инвалидов войны и престарелых. Стремительно, буквально за несколько десятилетий, беспощадно было разрушено то, что создавалось веками. Монастырские здания, представляющие собой уникальный по архитектуре ансамбль, даже формально не состояли под государственной охраной.

В Спасо-Преображенском соборе из-за конденсата и протечек кровли осыпалась живопись. В нижней церкви собора, где когда-то иноки преклоняли колена пред мощами великих Валаамских подвижников, хранились овощи. В алтаре Успенской церкви открыли магазин. В Воскресенском скиту обосновалась туристическая база. «На кирпич разбирались каменные скиты, а деревянные использовались как легкодоступное топливо», — пишет современный автор В.Р. Рывкин. По воспоминаниям островитян, «директор дома инвалидов разбирал и сжигал деревянные часовни — отапливал ими свинарник и коровник; председатель сельсовета жёг старые церковные книги и иконы». В 1950-е годы был сожжён деревянный храм Ильинского скита на острове Лембос. Погибли Назариевская пустынь и около 20 деревянных часовен на островах. От строений Коневского скита к середине 1950-х годов остались только фундаменты. Церковь, перевезённую на центральную усадьбу, приспособленную под кормокухню и осквернённую, позже также уничтожил пожар.

Последняя, Покровская часовня, как и многие другие, сгорела не во время военных действий, а в мирное лето 1982 года (ныне, как и Владимирская, отстроена заново). Изуверское отношение к святыням не прошло бесследно, многие из тех, кто разрушал их, постепенно теряли человеческий облик. Очень точно заметил бывший игумен монастыря (с июля 1990) Андроник (Трубачёв), что впервые источником разрушения обители стали «не войны противоборствующих держав, а разорение собственного гнезда, самоопустошение и самоистребление».

В 1965 году власти, организовав на острове природный заказник, решили дать Валааму новую жизнь. Были и другие попытки. В 1979 году природный заказник был преобразован в историко-архитектурный и природный музей-заповедник, в связи с чем некоторым зданиям был придан статус памятников. Предполагались устройство туристического аттракциона с канатной дорогой и аэродромом, в соборе — зала органной музыки, строительство нового посёлка на 1000 жителей. По милости Божьей, этим планам не суждено было сбыться.

Конец 1980-х годов стал первым этапом в восстановлении обители, бывшей когда-то столпом православной веры на севере России. По инициативе митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия (впоследствии Патриарха Московского и всея Руси, священноигумена Валаамского монастыря Алексия II) 18 сентября 1989 года Совет министров Карелии решил «передать в пользование» Ленинградской епархии Спасо-Преображенский собор с внутренним каре и расположенные рядом скиты, кроме Воскресенского и Гефсиманского. Наместником обители был определён архимандрит Виктор (Пьянков), впоследствии епископ Подольский.

Первые шесть насельников — иеромонахи Варсонофий, Геронтий, Фотий, иеродиакон Серафим, послушники Леонид и Вадим (ныне иеросхимонах Варахиил) — прибыли на остров в ночь на 14 декабря 1989 года и разместились в бывшем изоляторе дома инвалидов («Морской дом»).

С приездом монахов постепенно затеплилась духовная жизнь на острове. Возобновились службы в нижнем храме во имя преподобных Сергия и Германа. Одновременно начались монастырские реставрационные работы. 25 мая 1990 года, на Вознесение Господне, митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий освятил главный престол нижнего собора. Новое важное для обители решение о возвращении всех храмовых и административно-хозяйственных зданий было принято Верховным Советом Карелии в 1990–1991 годах.

С 1990 года Валаамский монастырь получил статус ставропигиального, то есть он перешёл в непосредственное ведение священноигумена, Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Несмотря на свою занятость, святейший патриарх почти ежегодно отмечал день памяти преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев, торжественным богослужением в Спасо-Преображенском соборе. Во время посещения Валаамского монастыря Его Святейшество подробно знакомился с жизнью братии, как в монастыре, так и в скитах, беседовал с братией.

С января 1993 года монастырскую братию возглавляет игумен Спасо-Преображенского Валаамского монастыря архимандрит Панкратий (Жердев), ранее состоявший в братии Свято-Троицкой Сергиевой лавры на послушании эконома. Братия за это время значительно возросла, теперь она составляет около 150 человек. Возрождаются традиции Валаамского трудового монашества: строительство и реставрация, флот, сельское хозяйство, автохозяйство, камнерезное, кузнечное и свечное производства, издание духовной и церковно-исторической литературы.

В мае 1991 года братия обители обрели великое духовное сокровище — нетленные благоухающие мощи валаамского подвижника благочестия иеросхимонаха Антипы. Отец Антипа родился в Молдавии в селе Калаподешта, подвизался на Святой горе Афон, был одним из основателей румынского скита Продромос. В 1992 году Священный синод Румынской православной, причислил к лику святых Румынской православной церкви преподобного Антипу Калаподештского. По благословению его святейшества в 2000 году имя преподобного Антипы Валаамского было внесено в святцы Русской православной церкви. Отныне Валаамская обитель получила ещё одного молитвенника у Престола Божия. Мощи преподобного Антипы Валаамского помещены в раку, которая установлена в нижней церкви во имя преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев. Братия и паломники обращаются к преподобному старцу с просьбой о молитвенном предстательстве и получают по своей вере помощь и исцеления от болезней.

В 1996 году престольный праздник монастыря — день памяти преподобных Сергия и Германа — был отмечен особыми торжествами. Обитель посетили Патриарх Алексий II и впервые в истории Валаама — глава поместной православной церкви, митрополит всея Америки и Канады Феодосии, который передал монастырю бесценный дар — частицу мощей преподобного Германа Аляскинского, а Святейший Патриарх — большую икону святого.

В силу сложившихся исторических обстоятельств, почти все сохранившиеся после неоднократных разорений Валаамской обители святыни и реликвии оказались вне Валаама или были безвозвратно утрачены в послевоенное время. Поэтому огромное значение для возрождающейся обители имело обретение древней святыни — креста-мощевика с частицей мощей великомученика и целителя Пантелеймона, который был выкуплен из частной коллекции и передан в дар Валаамскому монастырю благотворителем. 22 апреля 2004 года на Московском подворье состоялась торжественная передача уникального креста-мощевика. Древний крест с вложенной в него крупной частицей мощей великомученика и целителя Пантелеймона — родовая святыня бояр Нащокиных.

Но благословению Его Святейшества (4 июля 1999 г.) было установлено Празднование Собора Валаамских святых, на второй день после Преображения, престольного праздника обители.

В 2005 году были завершены реставрационные работы по восстановлению живописи собора на площади свыше 5 тысяч кв. м.

В начале XX века при Валаамском монастыре существовало 13 скитов. В настоящее время восстановлены одиннадцать.

По традиции валаамская обитель имеет подворья в Санкт-Петербурге: одно — с церковью во имя Казанской иконы Божией Матери и приделами во имя святого Николая и преподобного Серафима Саровского, часовней святых новомучеников Российских (до революции — подворье Старо-Ладожского Успенского женского монастыря, 1904–1909 гг.), другое — историческое, у бывшей пристани на Синопской набережной. В Москве историческое подворье на ул. Тверской-Ямской. Есть и новые подворья — в Приозерске с церковью во имя Всех Святых, в Сортавале с деревянной церковью во имя святителя Николая Чудотворца, на Кавказе.

Как провидчески сказал о Валааме в 1936 году замечательный русский писатель И.С. Шмелёв, «придёт время, и расцветут подросшие цветы духовные: „Господний посев не истребится"».